一) 污染低酸性罐头的主要微生物
1、嗜热性细菌 通常有平酸腐败细菌(平酸菌)、嗜热性厌氧芽胞菌等。
(1)平酸菌：在43℃以上贮存的低酸性罐头食品，可因其内残留的对热有很强抵抗力的嗜热性需氧芽胞菌的生长，而使罐头内容物变酸，使罐头失去食用价值。
由于这类细菌在罐头内活动时，罐听不发生膨胀，而内容物的pH值显著偏低之故，因而这种变质通常称为平盖酸败，引起平盖酸败的原因菌统称为平酸菌，即能使某些低酸性罐头食品发生酸败而又能形成芽胞的一类需氧乃至兼性厌氧的细菌。
(2)嗜热性厌氧芽胞菌：在43℃以上贮存的低酸性罐头食品，也可因残留的嗜热性厌氧芽胞菌的生长而引起罐头食品变质，这种变质由于原因菌的不同可分为以下两种类型：
A、产气型变质 (胖听)：由嗜热解糖梭菌所引起。
B、黑变：由致黑梭菌引起。能分解蛋白质产生硫化氢，硫化氢与罐头容器的马口铁化合生成黑色的硫化物，使食品变黑。罐听不发生膨胀。
2、中温性厌氧细菌 中温性厌氧细菌引起腐败变质，罐听膨胀，内容物有腐败臭味。
1)、分解蛋白质能力强的：主要有肉毒梭菌、生胞梭茵、双酶梭菌、腐化梭菌等。
2)分解糖类的：丁酸梭菌、巴氏芽胞梭菌、魏氏梭菌等。
肉毒梭菌尤为重要，肉毒梭菌分解蛋白质产生硫化氢、氨、粪臭素等导致胖听，内容物呈现腐烂性败坏，并有毒素产生和恶臭味放出。
3、中温性需氧菌 这类细菌属芽胞杆菌属。
常见：枯草芽胞杆菌、巨大芽胞杆菌和蜡样芽胞杆菌等。
4、不产芽胞的细菌 有两大类群：
1)肠道细菌：如大肠杆菌，它们在罐内生长可造成胖听；
2)链球菌/肠球菌
特别是嗜热链球菌和粪肠球菌等，这些细菌的抗热能力很强。多见于蔬菜、水果罐头中，它们生长繁殖会产酸并产生气体，造成胖听。在火腿罐头中常可检出肠球菌。
5、酵母菌及霉菌
酵母菌污染低酸性罐头的情况较少见，仅偶尔出现于甜炼乳罐头中。
二) 污染酸性罐头的主要微生物
1、产芽胞的细菌
凝结芽胞杆菌是酸性罐头食品中常见的平酸菌，常在蕃茄汁罐头中出现。丁酸梭菌和巴氏芽胞梭菌可使产品带有酸臭气味。多粘芽胞杆菌、浸麻芽胞杆菌也可引起水果罐头产酸产气。
2、不产生芽胞的细菌
这类细菌主要是乳酸菌，如乳酸杆菌和明串珠菌，它可引起水果及水果制品的酸败；又如乳酸杆菌的异型发酵菌种可造成蕃茄制品的酸败和水果罐头的产气性败坏。
3、抗热性霉菌及酵母菌
常见的黄色丝衣霉菌，可使水果柔化和解体，它能分解糖产生二氧化碳并造成水果罐头胖听；其次是白色丝衣霉菌，也可使罐头败坏。
抗热性霉菌引起罐头食品的变质，可通过霉臭味、食品褪色或组织结构改变、内容物中有霉菌菌丝以及有时出现罐盖的轻度膨胀得到证实。，
其它霉菌如青霉、曲霉等也可造成果酱、糖水水果罐头败坏。酵母菌的抗热能力很低，除了杀菌不足或发生漏罐外，罐头食品通过正常的杀菌处理，通常不会发生酵母菌污染。
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