1、适应症
⑴呼吸系统感染的症状：发热、咳嗽、痰多（如泡沫血痰、铁锈色痰、脓痰）、咯血、呼吸困难等。
⑵呼吸系统感染性疾病：鼻窦炎、咽炎、扁桃体炎、支气管炎、肺炎、肺脓肿、肺结核、猩红热、百日咳、白喉等。
2、标本采集
呼吸道标本应该在抗菌药物应用之前采集，采集过程中尽量避免口腔正常菌群的污染。标本采集后立即送检，避免少量污染细菌过度生长。若不能及时送检的标本暂放4℃冰箱，若分离培养肺炎链球菌、流感嗜血杆菌，不能放4℃冰箱。
⑴咽拭子采集法：用棉拭子采集病人咽后壁或悬雍垂的后侧，反复涂抹数次；采集白喉标本时要擦拭咽、鼻粘膜、伪膜部分和深层组织的分泌物，并立即送检。
⑵鼻咽拭子采集法：鼻咽拭子是一端弯曲的金属棉拭子（有商品），经鼻腔进入鼻咽部采集标本，置于运送培养基送检。
⑶鼻咽管采集法：用细鼻饲管从鼻腔进入到鼻咽部，用负压吸引器吸取鼻咽部分泌物并放入无菌容器内送检。用于病毒培养的标本，最好在床边接种，否则放冰壶内立即送检。
⑷痰液标本采集法
①咳痰：病人晨起用清水漱口数次，以便将口腔内正常菌群漱出。指导病人用力咳出呼吸道深部的痰液，置无菌容器中送检。痰量少者可采用加温45℃左右的10%氯化钠溶液雾化吸入，使痰液容易排出。
②吸痰管吸痰：对严重感染而又无力咳痰或昏迷病人可采用吸痰管吸痰。
③用防污染纤维支气管镜刷直接取得痰液或采集肺泡灌洗液，放置无菌容器中。④气管穿刺法：怀疑厌氧菌引起的肺部感染，可通过气管穿刺取得痰液。
3、常见病原体的检查
⑴直接涂片检查
①痰液细胞检查：挑取脓性痰液加盖玻片，在低倍镜下计数白细胞和鳞状上皮细胞的数量，每个视野多形核白细胞≥25个，鳞状上皮细胞＜10个，表明是下呼吸道的感染标本，适合做细菌培养。军团菌和结核菌培养不受此影响。
②肺炎链球菌（Streptococcus pneumonia ）：痰液直接涂片、革兰染色镜检，见到革兰阳性双球菌，呈矛头状排列，有的带有荚膜，结合临床可初步诊断。
③结核分枝杆菌：高压灭菌后挑取痰液在洁净无划痕玻片上均匀涂片、厚度适宜，进行抗酸染色，油镜检查见到抗酸染色阳性及形态特点似结核菌时，报告“找到抗酸杆菌”。
④白喉棒状杆菌（Corynebacterium diphtheriae）：将分泌物涂片，采用Neisser或Albert法染色，镜下见到革兰阳性杆菌，排列不规则，呈V、Y及栅栏状排列，有明显异染颗粒，可报告见到革兰阳性棒状杆菌
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