1）花生。因为黄曲霉是花生壳上最常见的真菌，所以在霉变的花生上总是能够检测出黄曲霉毒素；而且由花生制成的食品，如花生油或花生酱中也常含有黄曲霉毒素。与花生相似的还有开心果；另外一些坚果，如核桃、榛子或椰仁则受黄曲霉毒素的危害较轻。
2）粮食。许多真菌毒素，如玉米赤霉烯酮、单端孢霉素类、赭曲霉毒素Ａ和黄曲霉毒素能在粮食中产生。在收获以前镰刀菌就已经侵入了谷粒，侵害的程度和毒素产生的范围主要受植物栽培的措施和气候影响。如过多地施加氮肥会促使真菌的散布和繁殖。因为田间真菌，如镰刀菌生长的基质必须含有很高的水分，因此在粮食收割后，主要在温暖的地区，谷粒中的水分相应地散失，便会使镰刀孢菌的生长减慢，但是这时青霉属和曲霉属便会出现在粮食中，这些霉菌能在小麦、大麦、玉米和大米等粮食中产生黄曲霉毒素。
3）烘烤食品（面包）。真菌毒素能通过由霉变的粮食磨成的面粉进入面包，不过常见的是发霉的面包中产生真菌毒素。面包烘烤之后在晾凉、储存、切割和包装的过程中，由于面包房中的空气内含有大量的真菌，也容易被污染。在面包上常见的能产生毒素的真菌是黄曲霉（黄曲霉毒素）、赭曲霉（赭曲霉毒素Ａ）、扩张青霉（展青霉素）、和杂色曲霉（杂色曲霉素）。在黑麦面包中只发现有黄曲霉生长，但无毒素形成。
4）水果和果汁。在酸性水果和水果制品中能形成的真菌毒素是展青霉素和由丝衣霉分泌的丝衣霉酸。这些真菌在水果（苹果、梨、桃、杏、葡萄、菠萝和柠檬等）表面长成棕色斑点。氧浓度稍微减少（2—5%）而二氧化碳稍有增加（2—3%）的冷藏库中，真菌的繁殖和展青霉素的生成明显减少，但能生成展青霉素的丝衣霉却不受这种仓储条件的影响。
展青霉素在酸性环境中非常稳定，巴氏消毒时用高达80℃的温度都不会使它失活，如果用腐烂的水果进行加工，就可能存在展青霉素。另外，丝衣霉属的某些菌株的子囊孢子的抵抗力特别强，巴氏消毒时用高达85℃的温度也只能使少量的毒素失活，存活的毒素可能引起果汁变质。
在卫生条件欠佳的环境中晾干和储放水果，特别容易被真菌污染。例如干无花果就常含有黄曲霉毒素。
5）蔬菜。在室温下，真菌在辣椒、西红柿、黄瓜、胡萝卜等蔬菜上生长时能产生展青霉素。由于肉眼很容易发现这种霉变现象，消费者不会购买或食用它们，所以由此引起中毒的可能性极小。
6）果酱类和蜂蜜。在含糖量达到重量的50—60%的未经处理的蜂蜜和果酱中不会产生真菌毒素。因此，按照传统配方的果酱（果实和糖各占一半）与含糖量低的产品相比，更能抵抗真菌毒素的污染。
7）啤酒和葡萄酒。赭曲霉毒素Ａ、黄曲霉毒素、橘青霉素等其它的真菌毒素通常在发酵过程中会被灭活，在葡萄汁和苹果汁发酵过程中展青霉素也会被破坏。
8）酿造食品。通过我国科学工作者多年的监测，作为接种物用于制造某些酿造食品的曲霉菌，如米曲霉和酱油曲霉（A. sojae）不会产生真菌毒素。某些菌株，在生活史的某个阶段可能会在培养液中产生曲霉酸、圆弧偶氮酸、曲酸和β-硝基丙酸。然而已经明确，这些毒素在发酵过程中不会产生或产生得极少。某些用来制造这类产品的毛霉科的霉菌却有产生毒素的能力，不过至今几乎未被检测过。
9）奶。含有黄曲霉毒素Ｂ1的饲料（霉变的青饲料，含有毒素的花生渣或花生粉）被动物摄入后，黄曲霉毒素Ｂ1在牛的肝内被羟基化为黄曲霉毒素Ｍ1，主要从尿中排出，从乳汁中排泄的量很少。
10）奶酪。由于使用了含毒素的牛奶，也可能由于本身的霉变，奶酪也可能带有黄曲霉毒素。奶酪是真菌生长和黄曲霉生长的最理想的基质。在肉眼几乎不能观察到真菌生长时，奶酪就可能已经含有毒素，而且其含量可能会威胁人体的健康。
用霉菌催熟的奶酪比其它种类奶酪受到黄曲霉毒素危害的可能性更小。这是因为在成熟过程中，黄曲霉被接种的青霉菌压制而不能生长。
11）肉和肉制品。含有毒素的饲料被动物摄入后，真菌便进入肉中和特定的器官（肝脏）或脂肪组织内，并被储存起来。在用霉变的谷物配制的饲料中可能含有Ｔ-2毒素、赭曲霉毒素Ａ（引起猪的肾病）、黄曲霉毒素或玉米赤霉烯酮等。
另一种可能的危害是肉制品的霉变和特制的发霉的肉制品，主要是某些种类的青霉引起的。由于在长期发酵成熟过程中，产品中水分的丧失，某些曲霉菌的种类也会参与肉制品的腐败，这些菌株会产生黄曲霉毒素、橘青霉素、赭曲霉素Ａ、黄绿青霉素、杂曲霉素。因此，在生产必须经霉菌发酵的生火腿或生香肠时，必须采用经过鉴定的不产生毒素的菌株。因为毒素往往位于表层，所以当摄入这部分自然霉变的肉制品时，则可能损害人体健康。
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