农作物在生长、收割、加工、储藏及运输过程中都有可能感染真菌毒素。其中收割前的关键控制点有：作物的灌溉、作物的翻转和杀虫剂的利用；收割后阶段的关键控制点中正确的干燥方法是所有关键控制点中最关键的；另外在储藏和运输过程中应保持产品环境中的合理湿度。从储藏运输到最后的加工之间的所有阶段必须被检验以免真菌毒素污染。
加工过程中，由于加工环境的卫生状况的限制、长期处于较差环境、缺乏冷冻、加入受污染添加剂、与污染过的仪器设备接触、包材不佳等原因，都有可能会引入污染。因此，加工工厂也是我们需要监控的对象。在整个HACCP体系实施过程中，建立一个分析实验室，专门进行持续性的、准确的分析研究真菌毒素，以确保我们作出准确的结论，对毒素进行控制。
真菌毒素与其它毒物的显著不同在于其广泛而微量的存在。对于一个普通人，生活中不可能完全避免接触真菌毒素，而这种毒素的危险性恰恰在于微量的长期暴露。对于微量毒素而言，没有明确的剂量界限，没有明显感染的的起始时间，因此不可能进行前瞻性观察，甚至连非同步观察也几乎不可能。而且这种毒素的分布特点，除微量、长期之外，还存在无规律性，这使得我们更难进行流行病学研究。
真菌毒素的污染不像微生物毒素的污染，后者的毒性会很快的表现出来，而真菌毒素的污染一般情况下无明显的中毒症状，长期摄入特定的低水平的真菌毒素会导致慢性的疾病（如癌症）。食用的粮食、食品常被真菌甚至真菌毒素污染，因此，必须加强粮食作物的防霉除毒措施，改良食品的保管条件和方法。由于真菌毒素摄入不会产生明显症状，故现在还未对毒素产生的潜在问题进行足够的重视。
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