一、在组织培养中污染来源
1. 植物本身具有：
（1）植物病原菌
有些作物的病害已被透彻研究，因此在大量繁殖时，可立即检查出来，但有些则否，造成若有污染时，不知来源为何。
（2）和植物有关的菌类
有修植物本身便会和一些菌种共生，或是寄生于植物内部。
2. 植物所带入的污染：内在污染源
许多植物表面或大气中生存的微生物，可经由植物自然的开口或伤口进如植物内部，而有一些兼性腐生菌或绝对寄生菌，可藉由载体或是拥有一些侵入的机制侵入植物内部，依其存在的地方分为
1. 细胞内－inter
2. 细胞间隙－interacellular
种类有：virus病毒、viroids类病毒、prokarytoes原核生物、fungi真菌、柔膜纲（ex:mite）、立克次体。
3. 操作室：外在污染源
在组织大量培养下，除了植物本身外，大部分最有可能的污染来源便是来自操作室。依其可能原因分析为：
（1）空气
在操作室中，未过滤空气带有大量的微生物，随者操作人员或植株接触时，而污染培养皿。故在国外对于操作室内空气的清洁度分为四种等级：
ClassⅠ.没有容易培养的微生物，和作物之主要病原菌
Ⅱ.没有容易培养的微生物，和作物特殊病原菌
Ⅲ.没有容易培养的微生物
Ⅳ.未做检测
（2）不完全的灭菌设备或技术
因为使用灭菌不完全的设备或是技术，而导致植株或培养皿的污染，例如：有些酵母菌，可避免酒精消毒，还有一些会产生内孢子，而避免火焰消毒。
（3）人员
在整个操作室内，人员可说是最大的带菌者，其不管在毛发或是衣服等，都隐藏属不清的菌。在进入操作室前，最好能将作业人员清洁处理，然后换上脱鞋，或是将尘土去掉。
（4）细缝的存在
因为若操作室有细缝的存在，则造成外果气体直接流入，使得空气中菌数增加。
（5）操作台上的滤网不干净
因为使用过久，或不当保养，而造成滤网坏掉，而产生更多的污染。
（6）蹒及蓟马的存在
此为珠形网，具有活动能力，能到处跑来跑去。因此常造成散乱的污染。
4.栽培过程污染
在栽培室，组培瓶外和外界气体交换时，亦会有污染进入。污染机率取决于空气中带菌密度与组培瓶空气交换率。
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