样品制备是显微技术的一个重要环节，直接影响着显微观察效果的好坏。一般来说，在利用显微镜观察、研究生物样品时，除要根据所用显微镜使用的特点采用合适的制样方法外，还应考虑生物样品的特点，尽可能地使被观察样品的生理结构保持稳定，并通过各种手段提高其反差。
1. 光学显微镜的制样
光学显微镜是微生物学研究的最常用工具，有活体直接观察和染色观察二种基本使用方法。
(1) 活体观察
可采用压滴法、悬滴法及菌丝埋片法等在明视野、暗视野或相差显微镜下对微生物活体进行直接观察。其特点是可以避免一般染色制样时的固定作用对微生物细胞结构的破坏，并可用于专门研究微生物的运动能力、摄食特性、及生长过程中的形态变化如细胞分裂、芽孢萌发等动态过程。
①压滴法：将菌悬液滴于载玻片上，加盖盖玻片后立即进行显微镜观察；
②悬滴法：在盖玻片中央加一小滴菌悬液后反转置于特制的凹载玻片上后进行显微镜观察。为防止液滴蒸发变干，一般还应在盖玻片四周加封凡士林；
③菌丝埋片法：将无菌小块玻璃纸铺于平板表面，涂布放线菌或霉菌孢子悬液，经培养，取下玻璃纸置于载玻片上，用显微镜对菌丝的形态进行观察。
(2) 染色观察
一般微生物菌体小而无色透明，在光学显微镜下，细胞体液及结构的折光率与其背景相差很小，因此用压滴法或悬滴法进行观察时，只能看到其大体形态和运动情况。若要在光学显微镜下观察其细致形态和主要结构，一般都需要对它们进行染色，从而借助颜色的反衬作用提高观察样品不同部位的反差。
染色前必须先对涂在载玻片上的样品进行固定，
其目的有二：一是杀死细菌并使菌体粘附于玻片上，二是增加其对染料的亲和力。
常用酒精灯火焰加热和化学固定二种方法。固定常常利用高温，手执载玻片的一端（涂有标本的远端），标本向上，在酒精灯火焰外层尽快的来回通过3—4次，共约2—3秒钟，并不时以载玻片背面加热触及皮肤，不觉过烫为宜（不超过60℃）,放置待冷后，进行染色。
以上这种固定法在微生物实验室中虽然应用较多普遍，但是应当指出，在研究微生物细胞结构时不适用，应采用化学固定法。化学固定法最常用的固定剂有：酒精（95%），酒精和醚各半的混合物，丙酮，1—2%的饿酸等。饿酸能很快固定细胞但不改变其结构，故较常用。应用饿酸固定细胞的技术如下：在培养皿中放一玻璃，在玻璃上放置玻璃毛细管，在毛细管中注入少量的1—2%饿酸溶液，同时在玻璃上再放置湿标本涂片的载玻片，然后把培养皿盖上，经过1—2分钟后把标本从培养皿中取出，并使之干燥。
固定时应注意尽量保持细胞原有形态，防止细胞膨胀和收缩。而染色则根据方法和染料等的不同可分为很多种类，如细菌的染色，可简单概括如下：
抗酸染色法： 抗酸杆菌类一般不易着色，需用强浓染液加温或延长时间才能着色，但一旦着色后即使用强酸、强碱或酸酒精也不能使其脱色。其原因有二：一是细菌细胞壁含有丰富的蜡质(分支菌酸)，它可阻止染液透人菌体内着染，但一旦染料进入菌体后就不易脱去；二是菌体表面结构完整，当染料着染菌体后即能抗御酸类脱色，若胞膜及胞壁破损，则失去抗酸性染色特性。
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