传统工艺制醋是利用自然界中野生菌制曲、发酵，因此，涉及的微生物种类繁多。如霉菌属的根霉、曲霉、毛霉、犁头霉；酵母属中的汉逊氏酵母、假丝酵母以及芽孢杆菌、乳酸菌、醋酸菌、产气杆菌等。在众多的微生物中，有对酿醋有益的，也有对酿醋有害的菌种。新法酿醋，均采用经人工选育的纯培养菌株，进行制曲、酒精发酵和醋酸发酵。其好处是酿醋周期短，原料利用率高，因此带来了显著的经济效益。
曲霉菌
曲霉菌有丰富的淀粉酶、糖化酶、蛋白酶等酶系，因此常用曲霉菌制糖化曲。糖化曲是水解淀粉质原料的糖化剂，其主要作用是将制醋原料中淀粉水解为糊精，蛋白质被水解为肽、氨基酸，有利于下一步酵母菌的酒精发酵以及之后的醋酸发酵。曲霉菌可分为黑曲霉和黄曲霉两大类群。黑曲霉的分生孢子穗呈碳黑色或褐黑色或紫黑色，因而，菌丛呈黑色，但也有显五色的突变种。黑曲霉最适生长温度为30～35℃。除分泌糖化酶、液化酶、蛋白酶、单宁酶外，黑曲霉还有果胶酶、纤维素酶、脂肪酶、氧化酶、转化酶活性。适宜于酿醋的菌株有甘薯曲霉AS3.324、邬氏曲霉AS3.758、东酒1号、黑曲霉AS3.4309(UV-11)等。黄曲霉群包括黄曲霉和米曲霉。它们的主要区别：前者小梗多为双层，而后者小梗多为单层，很少有双层。黄曲霉的分生孢子穗呈黄绿色，发育过程中菌丛先由白色转为黄色，最后变成黄绿色，衰老的菌落则呈黄褐色。最适生长温度为30～35℃。黄曲霉群的菌株除有丰富的蛋白酶、淀粉酶外，还有纤维素酶、转化酶、菊糖酶、脂肪酶、氧化酶等。黄曲霉中的某些菌株会产生对人体致癌的黄曲霉毒素，为安全起见，必须对菌株进行严格检测，确证无黄曲霉毒素产生者方能使用。米曲霉一般不产生黄曲霉毒素。米曲霉中常用的菌株有沪酿3.040、沪酿3.042(AS 3.951)、AS 3.863等。黄曲霉菌株有AS 3.800、AS3.384等。
酵母菌
在食醋酿造过程中，淀粉质原料经曲的糖化作用产生葡萄糖，酵母菌则通过其酒精发酵酶系将葡萄糖转化为酒精和二氧化碳，完成酿醋过程中的酒精发酵阶段。除酒化酶系外，酵母菌还有麦芽糖酶、蔗糖酶、转化酶、乳糖分解酶和脂肪酶等。在酵母菌的酒精发酵中，除生成酒精外，还有少量有机酸、杂醇油、酯类等物质生成。这些物质对形成醋的风味有一定作用。酵母菌培养和发酵的最适温度为25～30℃，但因菌种不同稍有差异。
酿醋用的酵母菌与生产酒类使用的酵母相同。适合于高粱原料及速酿醋生产的菌种有南阳混合酵母(1308酵母)；适合于高粱、大米、甘薯等多种原料酿制普通食醋的有K字酵母；适合于淀粉质原料酿醋的有AS 2.109、AS 2.399；适合于糖蜜原料的有AS 2.1189、AS 2.1190。另外，为了增加食醋香气，有的厂还添加产酯能力强的产酯酵母进行混合发酵，使用的菌株有AS2.300、AS 2.338、中国食品发酵研究所的1295和1312等产酯酵母。
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