菌根菌的共生通常伴随著益菌产生，这些益菌可预防病原菌的侵害，因为这些益菌占据了根圈附近有利的生态地位，因此阻隔了病原菌的增生。真菌菌丝的分泌物使土壤粒子团粒化而改善了土壤结构，而且当真菌菌丝分解后，产生的有机物质有利於土壤中分解细菌的存活，使得整个土壤中微生物的组成达到动态平衡。然而在恶劣的土壤条件下，也许菌根菌最重要的功能在於改良土壤结构。
菌根最主要的功能在於增强植物对养分的吸收能力，尤其是磷肥，因为磷本身具有不溶解性，在土壤中常被固定，属较不易移动的离子，当根系周遭的磷耗尽，即产生养分缺乏的情况，而菌根所产生的菌丝可伸展超出此区域，进而利用原本吸收不到的磷，然而许多学者亦发现在土壤养分优沃的状态下，菌根的发育却是受到压抑的。 增进水分吸收能力以增强对干旱的抗性，则是菌根的另一项功能，学界已有许多的理论可用来解释它是如何产生作用的，它可能是藉由磷浓度的调节而进行，藉由增加磷的吸收，亦促进水分的吸收与蒸散作用；亦有人认为可能是菌丝增加了植物根部的吸收面积；此外也有报告指出可能是菌根使植物产生了生长调节剂，而改变植物本身的生理机能，植物荷尔蒙产生於植物的生长点，菌根可促使植物增加生长点的数量，而这些植物荷尔蒙亦会对植物气孔的传导功能产生作用，因而影响植物体内水分移动的状况。
而真菌在帮助植物时，亦能从植物体中获取生长所需的碳水化合物与氨基酸等，良好的共生关系促使菌根菌得以拓展迅速，其拓展进而增加植物抵抗逆境的能力，形成大自然中菌类与植物间相辅相成、密不可分的微妙关系。
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