1、淡水水体中微生物分布状况
地面水中微生物的种类和数量较多，一般与其所处的环境条件有关。清洁的湖泊、池塘和水库中微生物较少，有机质丰富的湖泊中，微生物也较多。停滞的塘水、污染的江河水以及下水道的沟水中，微生物较多。
地下水因经过深厚的土层过滤，几乎大部分微生物被阻留在土壤中。
2、海水微生物的分布和种类
海水中的微生物除来源于河水、雨水及污水等环境中临时种类外，绝大多数是嗜盐菌，并耐高渗透压。
水体中微生物的数量主要与有机质含量有关。
微生物在海水中的垂直分布一般规律为：表层主要是好氧性异养菌，低层水体中，主要是厌氧腐生及硫酸还原菌，两层之间紫硫菌较多。在0~10米深的海水中，菌数较少，藻类和原生动物占较大比例，10~50米的海水中，菌数逐渐增加，50米以下，菌数逐渐减少，200米以下，菌数更少，在海底沉积物上，存在大量的微生物。
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