霉菌性食物中毒主要由少数产毒霉菌产生的毒素所引起的。一种菌种或菌株可产生几种不同的毒素，同一毒素也可由不同的霉菌所产生。对污染霉菌的检测结果表明，污染各类的主要是曲霉和青霉，污染肉类的主要是美丽枝霉（ Thamnidium elegans ）和毛霉（ Mucor ）等，而污染饲料的主要是曲霉、青霉和枝孢霉（ Ephelis ）等。
常见的霉菌毒素食物中毒有：
（ 1 ）黄曲霉毒素中毒（ aflatoxicosis ） 黄曲霉毒素是黄曲霉（ A.flavus ）和寄生曲霉（ A.parasiticus ）产生的一类结构类似的代谢混合产物，有 17 种之多。其基本结构都是二呋喃环和香豆素，前者为基本毒性结构，后者为为致癌物。黄曲霉毒素非常稳定，耐热，在熔点（ 200 ℃ ~300 ℃）之下不会分解，且其毒性非常强，主要损伤肝脏，使肝细胞坏死、出血及胆管增生，有明显的致癌作用。产生黄曲霉毒素的霉菌主要污染粮食及其制品，花生、花生油、大米、棉籽等，奶、咸鱼等也有污染。
（ 2 ）赤霉病麦中毒（ trichothecene toxicosis ） 赤霉病麦中毒是食用了受赤霉病害的麦类食物后发生的中毒现象。引起麦类赤霉病的病原菌主要是镰刀菌（ Fusarium ）中的禾谷镰刀菌（ F.graminearum ）、串珠镰刀菌（ F.moniliforme ）、尖孢镰刀菌（ F.axysporum ）、燕麦镰刀菌（ F.avenaceum ）等。它们可产生能引起呕吐的赤霉病麦毒素和具有雌性激素作用的玉米赤霉烯酮两类霉菌毒素。
（ 3 ）黄变米中毒（ yellow rice toxicosis ） 受霉菌代谢产物污染后米粒变黄，称为黄变米。根据污染霉菌的不同，黄变米可分为三种，即黄绿青霉黄变米，其受黄绿青霉（ P.citeoviride ）产生的黄绿青霉素（ citreoviridin ）污染，这种毒素毒性强烈，侵害神经，可导致死亡。第二种为桔青霉黄变米，其受桔青霉（ P.citrinum ）的毒素桔青毒素（ citrinin ）污染，此毒素主要损害肾脏，引起实质性病变。第三种是岛青霉黄变米，其受岛青霉（ P.islandicum ）产生的黄天精（ luteoskyrin ）和岛青霉毒素（ islanditoxin ）两毒害肝脏的毒素所污染。
（ 4 ）麦角中毒（ ergotism ） 此类中毒是由于食用了带有麦角的麦类或麦制品所引起。其病原菌为麦角菌（ Claviceps purpurea ），此菌能形成麦角胺、麦角类碱和麦角新碱三类生物碱，其中麦角胺可引起食物中毒，急性为恶心、呕吐、腹痛、腹泻，心力衰竭、昏迷等，慢性有不同症状。
除了上述之外，还有甘蔗的霉变中毒等由霉菌有毒代谢物引起的食物中毒。
当人们误食了污染有致病性细菌、或细菌、霉菌产生的毒素的食品后，就会发生中毒症状，呕吐，腹泻、头痛、体温升高、甚至血便、吞咽困难、语言障碍、呼吸困难和死亡等。
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