污染环境生物修复可用原位 ( in situ ) 和异位（ ex situ ）或离位 ( off situ ) 两种不同方式进行。原位方式即是在污染环境原地进行技术性生物治理，不需将污染的土壤或水体转移。而异位方式是将污染土壤或水体转移至指定地点进行集中处理。生物修复的基本方法：一是进行生物扩增，即种植或接种具有降解和富集功能的植物或微生物；二是进行生物性刺激，即施加生物活性物质，刺激和促进土著微生物的生长和增殖，发挥其分解作用。
第一种方法是针对污染环境的主要污染物，选择具有降解这种污染物的微生物，通过发酵工程获得大量活性微生物，直接投加入污染土壤和水体，使污染环境中能降解这种污染物的微生物种群在数量上有极大的人为增强，促使污染物在较短时间内能得到有效降解乃至完全消除。第二种方法是运用给污染环境添加有针对性的营养物、电子受体和表面活性剂等物质，给污染环境中的有关微生物种群创造提高生物活性的条件，有利于微生物对污染物的降解和转化。在某些污染环境中由于污染物的不同，可能缺乏氮源物质，如原油污染环境；或者缺乏碳源物质和能源物质，如高氮施用环境。也有可能污染环境中缺乏微生物所需要的电子供体，如在厌氧环境中缺乏氧气，或 NO 3 - ， SO 4 2- ， CO 2 ， Fe 3 ＋ 等。许多污染物是非水溶性物质如石油、 PCBs 、 PABs 等，微生物难以接触污染物因而难以快速降解这些污染物。在生物修复过程中，如能有针对性的加入营养物或电子供体或表面活性剂，必将极大的有利于微生物的生长与降解污染物能力的提高。原位修复和异位修复都可通过这两种方法加速污染环境污染物的降解和消除。在大面积污染情况下，利用原位修复方法进行生物修复，如可用投加活菌，投加各种有效物质刺激微生物大量增殖，改善污染土壤和水体的通气条件，促进相关微生物的大量增殖与快速降解。在污染环境是一种少量可转移的情况时，可利用异位修复方式进行生物修复，如利用生物反应器法 (bioreactor) 、预制床法 (prepared bed) 、堆制法 (composting) 、生物堆层法 (biopiles) 等不同的方法。
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