当营养生活进行到一定时期时，真菌就开始转入繁殖阶段，形成各种繁殖体即子实体(fruitingbody)。真菌的繁殖体包括无性繁殖形成的无性孢子和有性生殖产生的有性孢子。
1．无性繁殖(asexual reproduction)
无性繁殖是指营养体不经过核配和减数分裂产生后代个体的繁殖。它的基本特征是营养繁殖通常直接由菌丝分化产生无性孢子。常见的无性孢子有三种类型：(1)游动孢子(zoospore)：形成于游动孢子囊(zoosporangium)内。游动孢子囊由菌丝或孢囊梗顶端膨大而成。游动孢子无细胞壁，具1—2根鞭毛，释放后能在水中游动。(2)孢囊孢子(sporangiospore)：形成于孢囊孢子囊(sporangium)内。孢子囊由孢囊梗的顶端膨大而成。孢囊孢子有细胞壁，无鞭毛，释放后可随风飞散。(3)分生孢子(conidium)产生于由菌丝分化而形成的分生泡子梗(conidiophore)上，顶生、侧生或串生，形状、大小多种多样，单胞或多胞，无色或有色，成熟后从袍子梗上脱落。有些真菌的分生抱子和分生孢子梗还着生在分生孢子果内。袍子果主要有两种类型，即近球形的具孔口的分生抱子器(pycnidium)和杯状或盘状的分生孢子盘(acervulus)。
2．有性生殖(sexualreproduction)
真菌生长发育到一定时期(一般到后期)就进行有性生殖。有性生殖是经过两个性细胞结合后细胞核产生减数分裂产生袍子的繁殖方式。多数真菌由菌丝分化产生性器官即配子囊(gametangium)，通过雌、雄配于囊结合形成有性泡子。其整个过程可分为质配、核配和减数分裂三个阶段。第一阶段是质配，即经过两个性细胞的融合，两者的细胞质和细胞核(N)合并在同一细胞中，形成双核期(N+N)。第二阶段是核配，就是在融合的细胞内两个单倍体的细胞核结合成一个双倍体的核(2N)。第三阶段是减数分裂，双倍体细胞核经过两次连续的分裂，形成四个单倍体的核(N)，从而回到原来的单倍体阶段。经过有性生殖，真菌可产生四种类型的有性孢子。(1)卵孢子(oospore)：卵菌的有性孢子。是由两个异型配子囊——雄器和藏卵器接触后，雄器的细胞质和细胞核经授精管进入藏卵器，与卵球核配，最后受精的卵球发育成厚壁的、双倍体的卵孢子。(2)接合孢子(zygospore)：接合菌的有性孢子。是由两个配子囊以配子囊结合的方式融合成1个细胞，并在这个细胞中进行质配和核配后形成的厚壁孢子。(3)子囊孢子(ascospore)：子囊菌的有性孢子。通常是由两个异型配子囊——雄器和产囊体相结合，经质配、核配和减数分裂而形成的单倍体孢子。子囊孢子着生在无色透明、棒状或卵圆形的囊状结构即子囊(ascus)内。每个子囊中一般形成8个子囊孢子。子囊通常产生在具包被的子囊果内。子囊果一般有四种类型，即球状而无孔口的闭囊壳(cletothecium)，瓶状或球状且有真正壳壁和固定孔口的子囊壳(perithecium)，由于座溶解而成的、无真正壳壁和固定孔口的子囊腔(locule)，以及盘状或杯状的子囊盘(9pothecium)。(4)担孢子(basidiospore)：担子菌的有性孢子。通常是直接由“+”、“-”菌丝结合形成双核菌丝，以后双核菌丝的顶端细胞膨大成棒状的担子(basidium)。在担子内的双核经过核配和减数分裂，最后在担子上产生4个外生的单倍体的担孢子。
此外，有些低等真菌如根肿菌和壶菌产生的有性孢子是一种由游动配子结合成合子，再由合子发育而成的厚壁的休眠抱子(restingspore)。
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