天然耐药性，又称原发性耐药性，遗传性耐药性,内源性耐药性,它决定抗菌谱。如全部肠杆菌科细菌对大环内酯类、克林霉素、利萘唑酮、奎奴普丁和莫匹罗星；鲍曼不动杆菌对氨苄西林、阿莫西林和第一代头孢菌素；铜绿假单胞菌对氨苄西林、阿莫西林、阿莫西林/克拉维酸、第一、二代头孢菌素、头孢噻肟、头孢曲松、萘啶酸和甲氧嘧啶；肺炎链球菌对甲氧嘧啶和氨基糖苷类；嗜麦芽窄食单孢菌对亚胺培南；沙雷菌属对氨苄西林、阿莫西林、阿莫西林/克 拉维酸、第一代头孢菌素、头孢呋辛和多黏菌素E均属天然耐药。天然耐药性是某种细菌固有的特点，其原因可能是此类细菌具有天然屏障，药物无法进入细菌体内或由于细菌缺少对药物敏感的靶位所至。
获得性耐药性是在微生物接触抗菌药物后,由于遗传基因的变化、生存代谢途径的改变而产生的耐药性。获得性耐药性可分为相对耐药性(又称中间耐药性)和绝对耐药性(又称高度耐药性),前者 是在一定时间内MIC逐渐升高,后者即使高浓度也没有抗菌活性,如耐庆大霉素的铜绿假单胞菌。
获得性耐药性又有社会获得性耐药性和医院获得性耐药性之分。常见的医院获得性耐药菌株为耐甲氧西林金葡菌（MRSA）和凝固酶阴性葡萄球菌、耐万古霉素肠球菌（VRE），多重耐药菌有克雷伯杆菌属、肠杆菌属以及假单孢菌。常见的社会获得性耐药菌株有产β内酰胺酶的大肠杆菌属、耐阿莫西林的卡他莫拉菌，耐药肺炎球菌，多重耐药结核杆菌、沙门菌属、志贺菌属、弯曲菌属以及耐青霉素淋病奈瑟菌属。医院获得性感染，仅在美国一年就有40，000病例死亡，几乎都是由耐药菌所致；国内对2000～ 2001年从13家医院分离的805株革兰阳性菌进行耐药监测。结果,MRSA检出率为37.4%,其中医院获得性耐药菌株的检出率为89.2%，社会获得性耐药菌株为30.2%;MRSE为33.8%,耐青霉素肺炎球菌（PRSP）为26.6%,屎肠球菌(AREF)对氨苄青霉素耐药率为73.8%。大肠杆菌对各种喹诺酮类呈交叉耐药,耐药率高达60%。
多重耐药性是指同时对多种抗菌药物发生的耐药性。是外排膜泵基因突变和外膜渗透性的改变及产生超广谱酶所致。最多见的是耐多药结核杆菌和耐甲氧西林金葡菌, 以及在ICU中出现的鲍曼不动杆菌和铜绿假单胞菌,仅对青霉烯类敏感;嗜麦芽窄食单胞菌几乎对复方新诺明以外的全部抗菌药耐药。
交叉耐药性是指药物间的耐药性互相传递,主要发生在结构相似的抗菌药物之间。如目前大肠杆菌对喹诺酮类的交叉耐药率已超过60%。
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