气相色谱和高效液相色谱的分析也应用到致病微生物的检测中，主要是依据不同病原体的化学组成或所产生的代谢产物各异，利用上述色谱检查可直接分析各种体液中的细菌代谢产物、细菌中的脂肪酸、蛋白、氨基酸、多肽、多糖等，以确定病原微生物的特异性化学标志成分，协助病原诊断和检测，其中以气相色谱应用较多。尽管该法具有简单、快速、可靠，在数小时内即可得出结果的特点，但由于使用的仪器设备相对比较昂贵，所以不适应现场的快速检测，特别是食品加工过程中的HACCP中的关键控制点的检测；另外其特异性也是不明显的。
a.API系统 APl包括15个鉴定系列、550多个细菌种。APl 20E为肠杆菌科细菌鉴定系统含有20种生化反应底物；APl 20A为厌氧菌鉴定系统；API STAPH为葡萄球菌及微球菌鉴定系统；API LIS为李斯特氏菌鉴定系统；API CAMPY为弯曲杆菌鉴定系统；APl系统采用数值鉴定法，配有计算机Apl-LAB Plus软件。能够判断许多非典型鉴定模式，键入生化反应结果或输入数值编码，可立刻获得鉴定结果报告。
b.EnterotubeⅡ 此为一模制的塑料管有如钢笔形状，每管等分为12个小格，每格含有标准生化试验的琼脂培养基，管内有一根贯穿全管的接种针，可自分离子板上挑取单个菌落，由管的一端向纵深延伸，经中心接种至管的另一端培养基中。接种培养后，根据颜色变化按其鉴定手册判定结果。
c.Micro—ID(Organon Teknika公司产品)是应用于李斯特菌鉴定的微生物快速鉴定系统。试剂盒备有浸渗过试剂的滤纸条，用以检测李斯特氏菌所具有的特异性酶或代谢反应，鉴定结果可根据滤纸颜色的变化来判定。
d. ATBR 鉴定纸条 (bioMerieux Vitek公司产品)包括有鉴定肠杆菌、链球菌、厌氧菌、酵母菌、革兰氏阴性杆菌、葡萄球菌和微球菌等细菌32个生化试验，这些生化试验或根据含碳物质的代谢，或根据产生颜色的反应来进行鉴定。
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