微生物专用酶快速反应是根据细菌在其生长繁殖过程中可合成和释放某些特异性的酶，按酶的特性，选用相应的底物和指示剂，将他们配制在相关的培养基中。根据细菌反应后出现的明显的颜色变化，确定待分离的可疑菌株，反应的测定结果有助于细菌的快速诊断。这种技术将传统的细菌分离与生化反应有机的结合起来，并使得检测结果直观，正成为今后微生物检测发展的一个主要发展方向。
利用细菌中某些具有特征性的酶，应用适当的底物可迅速完成细菌鉴定。如沙门氏菌具有辛酸酯酶，以4MU-辛酸酯为底物，经沙门氏菌酶解，在紫外灯下观察游离4MU的荧光。卡他莫拉菌具有丁酸酯酶，可用丁酸配色原底物快速鉴定等Delise等新合成一种羟基吲哚-β-D葡萄糖甘酸(IBDG)，在β-D葡萄糖苷酶的作用下，生成不溶性的蓝，将一定量的IBDG加入到麦康凯培养基琼脂中制成MAC-IBDG平板，35℃培养18h，出现深蓝色菌落者为大肠埃希氏阳性菌株。其色彩独特，且靛蓝不易扩散，易与乳糖发酵菌株区别。王金良教授等应用β-萘酚辛酯酶为底物，经沙门氏菌酶解，释出β-萘酚与固兰作用出现紫色，反应在纸片上进行，只需5min即可完成沙门氏菌的鉴定。这对食品与环境卫生检验有重要价值。运用大肠菌群特有的β-D-半乳糖苷酶系统，能分解4-甲基伞形酮-β- D-半乳糖苷（MUG）为葡萄糖苷和甲基伞形酮,其可在长波UV光下（366nm）产生荧光。以此作为确认是否有大肠菌群和大肠艾希氏菌存在的依据。还可用于大肠菌群和大肠埃希氏菌计数。
氧化物酶法,最近研究表明，一种专利名称为氧化物酶物质，能刺激食品中存在的主要兼性厌氧病原菌的生长，在有氧的条件下，这种酶可将氧气转化为H2O，减少了培养基中氧的密度，造成厌氧条件，有助于兼性厌氧微生物的生长。在培养剂中，这种酶仅含0．1单位／mL就会大大刺激单核细胞增生李斯特菌、大肠埃希氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、腐败链球菌和普通变形菌的生长，在这种酶的存在下，35℃-42℃培养5-8h，细菌数比常规培养法多l-2个对数单位。这种酶的实际应用，在于可使食品中的主要病原微生物，受到这种酶的作用，几小时可以长到较高的菌数(16 CFU ／mL)，经培养后，就能用现代化的检测方法(例如DNA探针技术和聚合酶连锁反应技术)进行快速检测，因而可以加快对病原菌的检测速度。
