1.β内酰胺类抗生素的耐药基因
青霉素结合蛋白（PBP）基因 耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌是由mec A基因介导的耐药，肺炎链球菌对青霉素耐药是由于PBP基因突变而致。
革兰阴性菌产生的β内酰胺酶 由质粒介导的β内酰胺酶种类繁多，可以用PCR或基因探针的方法检测和分类，如TEM、SHV、OXA、ROB型等。
2.糖肽类抗生素耐药基因 肠球菌对糖肽类抗生素的耐药基因由Van A、Van B、Van C等介导，测定这些基因可以预测对万古霉素和壁霉素的耐药性。
3.大环内酯类抗生素耐药基因 红霉素甲基酶erm基因、大环内酯类泵出基因mef A、mef E、msr A等基因参与了红霉素的耐药。
4.喹喏酮类抗生素耐药基因 喹喏酮类抗生素的主要耐药机制是由于螺旋酶和拓扑酶的突变，常与gyr和par基因突变有关。
5.分枝杆菌耐药基因 对利福平的耐药与rpoB变异有关，对异烟肼的耐药与kat G和inh A有关。
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