微生物在食品中扮演的角色
也许大家都有过这样的经验，在大热天从市场买回的一块猪肉放在厨房，没有立刻把它放在冰箱中，经过几个钟头后可能就会发出一些腐臭味；又如买回来的鲜奶虽然放在冰箱中，但日子久些常会发现有变酸、凝结的情形。此外某一学校的学生吃了便当后发生上吐下泻集体中毒的新闻也时有所闻。这些我们都已经了解可能是微生物在食物中生长，造成食品品质劣变或造成不适于食用的结果。
从市场购买回来的食物，除非在工厂里经过完全的灭菌处理，否则这些食物一定含有许多微生物。虽然微生物的种类很多，但细菌、酵母菌、霉菌和病毒乃是食物中最主要的微生物。食品中所含的这些微生物，是原料中原本污染的微生物在经过其后一连串处理、加工、保藏等措施后仍然存活，或由于再污染而存在的。
一般情况下若食品中污染的微生物数目多，可能保藏的期限就较短，而且污染有病原菌的机会也较高。食品中微生物污染的主要来源包括土壤、水、空气、植物与肥料、动物与饲料、人、加工设备、食品配料、其它食物及包装材料等。
土壤中隐藏着许多自然界的微生物，不同地区、不同气候、不同肥沃度的土壤中所隐藏的微生物数目与种类有极大的不同。水是微生物广泛存在的天然环境，江、河、湖、池、井水中均有微生物存在，而水中的微生物主要来自土壤、人畜排泄物、动植物尸体等，所以食品工厂用水均须做适当的杀菌处理，以免影响食品的品质。
虽然空气并非微生物繁殖的场所，但空气中仍然存在着不同种类与数量的微生物，而这些微生物都是其它环境中的微生物进入空气的结果。如土壤飞扬而起的尘埃，人与其体表的干燥脱落物和呼吸道的排泄物等进入空气所致。
植物本身与土壤接触，它们的表面甚至内部都可能含有微生物。至于动物如猪、牛等毛发、表皮、口腔及肠道内均有微生物存在，在屠宰过程中都可能再污染至肉品上，尽管本身健康的动物其肌肉内部是无菌的，但由于加工时所使用的设备、容器等也都可能含有微生物，特别是在使用后未做适当的清洗、杀菌时，它们所含的微生物都可能再污染到所处理或放置的食物中
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