动物和植物病毒，特别是相当多的动物病毒，其核衣壳外面还有一层或多层由糖蛋白、脂类所构成的囊膜把它们包裹起来，如流感病毒、疱疹病毒、狂犬病毒、水泡性口膜炎病毒以及小麦丛矮病毒等。有的病毒在囊膜的最外层还有突起物。引起天花一类疾病的痘病毒是最大、结构最复杂的一类病毒，外形呈砖状或面包状，大小300nm×250nm×100nm，所以用光学显微镜就可以看到，但要看清表面结构还需要电子显微镜。它的核衣壳的结构复杂，而且囊膜上还有很多管状突起物。
二、昆虫病毒的结构
昆虫病毒基本分三类：一类是病毒核衣壳颗粒为游离态，没有囊膜包被，也没有结晶状蛋白质包被的；第二类是核衣壳外有囊膜包被的；第三类是核衣壳外面有很多蛋白质晶体包被，形成多角形的包涵体，呈四面、长方、六面和十二面等，所以称为多角体病毒。
三、细菌病毒——噬菌体的结构
噬菌体是一类寄生于细菌的病毒的总称，英文名称为bacteriophage，简称phage，来源于希腊文“phagos”，是“吞噬”的意思。在结构上，噬菌体比我们大家熟知的细菌、真菌要简单得多。关于噬菌体的结构、侵染方式、复制、成熟（包装）等是病毒学中研究的最早、最清楚的一类病毒。如果在培养皿中使培养基内长满细菌，就好像一片草地，如果有噬菌体活动，我们就能在这片“草地”上发现一个个透明的圆圈，这是因为细菌被噬菌体分解了。我们把这些透明圈称为噬菌斑。
大家熟知的噬菌体的构型有以下几种。绝大多数噬菌体为裸露的球状、纤维状或丝状，只有极个别的才带有包得很紧的脂蛋白囊膜， 还有一种噬菌体是有头有尾，核酸包在头部外壳中，头是二十面体对称，而尾是螺旋对称。
在病毒中有两种特殊情况：一种是类病毒（viroids），它是一种只含有RNA而缺少蛋白的具有感染性的独特因子；与之相反，朊病毒（prions）是一种只含蛋白，缺少核酸具有感染性的特异因子。
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