一般自然情况下，进入宿主体内的病原菌是不多的。如果它们不能迅速繁殖成很大的数量，要想侵犯我们人体这个跟细菌相比的庞然大物是不可思议的。当病原菌侵入机体后，是否能致病，首先要看该菌能否在侵入的部位繁殖，而不同部位的条件是千差万别的。例如破伤风梭菌芽胞随尘土等进入了普通浅表部伤口，由于这种细菌是厌氧菌，而浅表部位不是厌氧微环境，芽胞不能出芽和繁殖，就不会引发破伤风病。奇异变形杆菌易在肾脏内生长，是因为这种细菌能产生尿素酶，可以分解利用尿液中的尿素作为生长的养料。能生动说明宿主不同器官对病原菌敏感性不同的例子是流产布鲁氏菌。这种细菌容易引起牛的传染性流产，和牲口接触较多的人也会因为传染了这种细菌而患病。当牛因为感染细菌而发生流产时，连接胚胎与子宫的母牛胎盘是流产布鲁氏菌唯一存在的地方，而母牛和子牛身体都未发现这种病原菌。20世纪60年代，科学家发现流产布鲁氏菌的正常生长需要大量的维生素和其它微量物质，其中一种是与蔗糖类似的物质赤藓醇。赤藓醇在动物组织中含量甚微，但在胎盘中含量很高。因而，流产布鲁氏菌便在胎盘而不是其它部位繁衍滋生。用给实验动物注射赤藓醇的方法可以诱导出全身性布鲁氏菌病，证实了科学家的推断。这说明，微生物之所以在特定的部位生长并引发疾病，是因为这些部位有它们需要的养分或者没有它们不喜欢的某些物质。而气性坏疽则是由于某个部位缺少它不喜欢的物质而大量繁殖的例子。引起坏疽的梭状芽孢杆菌在污染的水源及土壤中广泛存在，但由于它们害怕氧气，在有氧的条件下不能生长，所以一般是不可怕的。然而，它产生的孢子在空气中能长期存活。当梭状芽孢杆菌的孢子恰好进入伤口，引起受伤组织发炎肿胀时，组织的小血管受挤压而产生供血不良，造成伤口供氧不足，当伤口较深时，则缺氧更加严重。这些细菌会产生了一种对人体剧毒的物质引起严重的后果。
当然，不同病原菌引起疾病的数量有很大差异，伤寒沙门氏菌和霍乱弧菌处处存在，但一个身体健康的人接触少量并不容易发病，因为需要一次侵入数十亿至数百亿个细菌才会引发症状；而鼠疫杆菌只要7个细胞就能使某些宿主患上可怕的鼠疫。
当病原菌通过原始入侵部位直接向周围扩散时，必定会受到机体结缔组织等胶样物质的阻挡。但是有些细菌，例如A群链球菌会产生能分解结缔组织基质中的透明质酸的酶—透明质酸酶，这就使它们得以在皮下组织中迅速扩散，造成蜂窝组织炎等病变。因此，透明质酸酶又称扩散因子。链球菌还能产生链激酶（溶纤维蛋白酶）和链道酶（DNA酶），它们分别能降解炎症反应中能起“包围”病菌作用的纤维蛋白，也能降解白细胞死亡后释放出来的粘稠的细胞核DNA，这些酶均有利于病菌在机体内的扩散。
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