微生物通过细胞膜与外界环境进行物质交换，因此细胞的透性与微生物吸收营养物质关系极为密切。物质运输有四种方式。
一、 单纯扩散
这是物理扩散作用，被吸收的物质是靠细胞内外的浓度差或电位差为动力，溶质分子从浓度高的区域向浓度低的区域扩散，细胞被动接收这些物质，称为被动吸收，这个扩散过程不消耗能量，气体、水、溶性，脂溶性物质都是通过这种方式进入细胞内，细胞内外浓度相等停止进入，由于细胞内物质不断消耗，使细胞内始终保持较低浓度，因此细胞外的物质能不断的进入细胞内，只是物质以这种方式进入细胞内的速度很缓慢。大肠肝菌吸收钠离子，就是以这种方式进行的。
特点：
1、物质进入细胞的动力是细胞内外的浓度差。
2、这种运输方式不消耗能量。
3、没有特异性，被运输物质不与膜上物质发生任何反应，物质不发生化学变化。
二、促进扩散
促进扩散也是以物质的浓度梯度为动力，与上种方式不同的是这种运输过程有膜载体参加，起“渡船” 作用，把物质由膜外运至膜内。（膜上蛋白种类多主要起酶与载体的作用）。膜载体又称载体蛋白质1、有很强的特异性。2、在运输的过程中，本身不发生变化。3、能加快物质运输的速度。因此将这种载体蛋白归于酶类，通称渗透酶细胞中有多种渗透酶，一种酶至少可帮助一种物质进行运输。
运输过程是：膜载体在膜外与营养物质亲合力强，与这种物质亲合强，与这种物质结合，进入细胞亲合内降低释放营养物质，像渡船一样，膜外盐货，膜内卸货，这种扩散方式比单纯扩散速度快。膜内外亲合力的改变与载体分子构型改变有关。
特点：
1、物质运输动力是细胞外的浓度差。
2、运输过程不消耗能量。
3、有膜载体参加，膜载体（渗透霉）有特异性。运输葡萄糖的载体只运输葡萄糖。这种运输方式多发生在真核微生物，原核生物少见。
三、主动运输
在能量参与下，膜载体（渗透E）逆浓度梯度在细胞内积累营养物质过程，称为主动运输。
微生物在繁殖过程中，需要多种营养物质，主动运输的物质，不受物质浓度梯度的影响，而进入细胞这种物质的摄取是逆浓度梯度被抽进细胞内的。即物质是从终浓度向高浓度运输的。如大肠杆菌在运输乳糖、半乳糖等糖类、AA和K、Na、Ca离子等就是通过这种方式进行的。使各种物质在细胞内高度积累，细胞内的浓度比细胞外高得多，如半乳糖比细胞外高500倍，K＋高于细胞外300倍，膜载体与被运输物质具很强的亲合力。
运输过程是：膜载体与被运送物质结合成载体复合物进入膜内，在能量的参与下，载体发生构型变化，亲合力降低，运输的营养物质被释放出来，运输过程中营养物质不发生任何变化。
特点：
1、被运送的物质可逆浓度梯度进入细胞内。
2、要消耗能量，必需有能量参加。
3、有膜载体参加，膜载体发生构型变化。
4、被运送物质不发生任何变化。
四、基团移位（转位）
另一种主动运输方式是基团转位，是在研究糖的运输发现的，运输过程中需要能量，被运输的物质发生化学变化的运输叫基团移位，许多糖就是靠基团移位进行运输的。这种运输方式是微生物通过磷酸转移酶系统来运输营养物质的。
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