1．光能无机自养型（光能自养型）
能以CO2为主要唯一或主要碳、进行光合作用获取生长所需要的能、以无机物如H2、H2S、S等作为供氢体或电子供体，使CO2还原为细胞物质；
藻类及蓝细菌等和植物一样，以水为电子供体（供氢体）进行产氧型光合作用，合成细胞物质。红硫细菌以H2S为电子供体，产生细胞物质，并伴随硫元素的产生。
2．光能有机异养型（光能异养型）
不能以CO2为主要或唯一的碳源；以有机物作为供氢体，利用光能将CO2还原为细胞物；在生长时大多数需要外源的生长因子。
例如，红螺菌属中的一些细菌能利用异丙醇作为供氢体，将CO2还原成细胞物质，同时积累丙酮。
光能无机自养型和光能有机异养型微生物利用光能生长在地球早期生态演化过程中起重要作用。
3．化能无机自养型（化能自养型）
生长所需要的能量来自无机物氧化过程中放出的化学能，以CO2或碳酸盐作为唯一或主要碳源进行生长时，利用H2、H2S、Fe2+、NH3或NO2-等作为电子供体使CO2还原成细胞物质。
化能无机自养型只存在于微生物中可在完全无机及无光的环境中生长广泛分布于土壤及水环境中,参与地球物质循。
4．化能有机异养型（化能异养型）
生长所需要能量均来自有机物氧化过程中放出的化学能，生长所需要的碳源主要是一些有机化合物，如淀粉、糖类、纤维素、有机酸等。
有机物通常既是碳源也是能源。
腐生型：可利用无生命的有机物(如动植物尸体和残体)作为碳源；
寄生型：寄生在活寄主机体内吸取营养物质,离开寄主就不能生存。
不同营养类型之间的界限并非绝对
例如紫色非硫细菌：没有有机物时，同化CO2， 为自养型微生物；有机物存在时，利用有机物进行生长，为异养型微生物；光照和厌氧条件下，利用光能生长，为光能营养型微生物；黑暗与好氧条件下，依靠有机物氧化产生的化学能生长， 为化能营养型微生物。
微生物营养类型的可变性无疑有利于提高其对环境条件变化的适应能力
5．营养缺陷
某些菌株发生突变(自然突变或人工诱变)后，失去合成某种(或某些)对该菌株生长必不可少的物质(通常是生长因子如氨基酸、维生素)的能力，必须从外界环境获得该物质才能生长繁殖，这种突变型菌株称为营养缺陷型，相应的野生型菌株称为原养型。
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