一、快速、大量繁殖优良品种
组织培养与传统的无性繁殖相比，工作不受季节限制，而且经过组织培养进行无性繁殖，具有用材少、速度快等特点。组织培养虽然有用材少、增殖率高的优点，但成本较高，一般在母株材料少而需短时期内大量增殖和培育脱毒苗时才应用，如母株材料多且没有褪化时，还是以传统繁殖方法为宜。
二、在花卉育种上和利用
在花卉育种上，应用很广泛，主要在胚胎培养、单倍体育种、体细胞杂交和植物基因工程等方面应用较多。通过组织培养，可缩短育种年限和世代，也有利于基因突变中隐性突变的分离。
三、花卉的提纯复壮
运用组织培养，苗木的复壮过程很明显，对于长期运用无性方法繁殖并开始退化的花卉品种，如康乃馨可采用组培方法繁殖，可使个体发育向年青阶段转化。
四、获得无病植株
一些用无性繁殖方法来繁衍的花卉种类，如康乃馨、菊花、郁金香、水仙、百合、鸢尾等，不能通过种子途径去除病毒。由于利用植物体的一部分繁殖，易导致病毒积累，危害加重，影响了花卉的观赏效果。而植物在茎尖生长点区几乎不含或含极少病毒，因为该区无维管束，病毒难以进入，所以茎尖培养成为获得无病毒植株的重要途径。
五、种质资源的保存
很多无性繁殖的植物因没有种子供长期保存，其种质资源传统上只能在田间种植保存，耗费人力物力，且资源易受人为因素和环境因素而丢失。而用组培方法，可大大节省人力、物力，大大延长保存期。
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