水果和水果产品的微生物检测方法和规范很难确定例如，大肠杆菌0157的暴发是由于苹果酒引起的，但这种情况出现的几率很小，而旦使用大肠杆菌计数也不会产生阳 性结果。除非有预先的测试原因，否则这样的测试十分不合箅。但对于这类产品在必要 时应检测特定的真菌毒索(如苹果汁中的棒曲霉毒索）。在无花果干果屮曾检测到超过 40㎎/kg的黄曲霉毒素
除了检测已经变质的样品外，还应检测有可能变质的水果。检测的微生物项目依水果品种和储存方式而定。真菌引起的变质主要有两种情况：一种是由真正的寄生菌引起 的，它可通过果皮侵人水果组织内部；另一种则是通过水果的 伤口 侵入。后一种真菌也可通过果皮侵入成熟的水果中。
通过水果变质情况的观察可以判断真菌的类型：例如青霉菌常常产生蓝色或绿色的 霉点（扩展靑霉在梨树上会出现棕色的霉点，分生孢子在腐烂时会提前出现蓝绿色的霉点）；葡萄孢菌产生松软的灰色霉菌，盘长孢和刺盘孢会引起棉桃腐烂病，在果实表面可见 明显凹陷的斑点。Fidler等人(1973)对引起梨果腐败变质的真菌进行了较全面的分析， 如第5章所述，多数霉菌能用显微镜进行辨别：刺盘孢和盘长孢生长在植物宿主中，能刺 破保护植物的表皮，萌发出块状的分生孢子梗和圆盘状的分生孢子盘，通过镜检可区分刺盘孢和盘长孢的分生孢？。刺盘孢的分生孢子梗上生长着黑色的刺状突起物，面盘长孢 却没冇；两者的分生孢子都是无色的，呈镰刀状、弯月状、卵状或圆柱状。
用透明纸包装销售的和已包装好的水果沙拉极易造成病原菌的传播。例如，由于西瓜的pH较高（PH 5. 9~6. 7)，在高于冷藏温度下很容易引起沙门氏菌的快速生长 (Golden等，1993),在美国，成品丙瓜沙拉就曾经引起肠炎沙门氏菌病的暴发(CDC，1991; Madden, 1992) o
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