奶酪这类发酵食品中含有大量的乳酸菌，微生物在整个发酵过程中起作用。加工后短期内，乳酸菌在产品中占主导地位,不成熟的软奶酪(如棉花奶酪）中就含有大量的乳酸 菌。在奶酪成熟的过程中，乳酸菌等发酵菌种逐渐被耐酸的乳杆菌所取代。在许多硬化 的奶酪(如切达干酪）中，乳杆菌对奶酪的成熟起着很重要的作用。奶酪的其他变化，尤其 是其成品的特征则取决于其他微生物(例如霉菌成熟奶酪中的青霉菌和瑞士奶酪中的丙 酸杆菌）的生长和新陈代谢能力。
关于微生物造成的产品腐败和对人体健康危害等问题，要对两种类型的奶酪分别讨 论：软奶酪和鲜奶酪的水分活度和pH很容易造成产品的腐败，只能放入冰箱保存；硬奶 酩和半硬奶酪(如切达干酪、Provodonc奶酪和Edam奶酪）的保质期都较长，在20℃的环 境温度下仍能长期保存。但所有类型的奶酪，包括硬奶酪，都可能引发沙门氏菌肠炎(例 如CDSC, 1996a，1997b)。导致这种疾病发生.的原因通常足因为食用了未经巴氏灭菌的 奶制成的奶酪另外，虽然沙门氏菌在低pH时会逐渐死亡，但大多数菌都能存活两个月 以上。
软奶酪或半软奶酪常存在葡萄球菌毒素和大肠杆菌O157、单核细胞增生李斯特菌等 肠道致病菌公共健康危害菌；硬奶酪的水分活度较低，能为乳清分离后压制阶段残存的致 病菌提供长期的生存环境，甚至生存条件苛刻的致病菌(如流产布鲁氏杆菌）都能在硬奶 酪中存活几个月」
奶酩的质蜇评估应该包括对大肠菌群、粪大肠菌群和大肠杆菌的检验。另外还应包 括金黄色葡萄球菌和其他重要的致病菌的检验。所有类型的奶酪都可能引起金黄色葡萄 球菌肠毒素食物中毒，这些葡萄球菌可能来自携带该菌的人或患有乳腺炎的牛。金黄色 葡萄球菌肠毒素的产生是由于部分发酵菌种失活产生了低酸环境造成的。金黄色葡萄球 菌成熟后数目会降低，所以对任何细菌数超过的样品都要考虑是否存在内毒素的 危害性。但产品中不存在金黄色葡萄球齒并不意味着奶酪就是安全的，细菌可能在产品 成熟过程中死亡，但活性内毐素却可能已经存在于奶酪中：
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