奶的常规微生物测试一般需1~2d才能得到结果，很不适用于这种极易腐败产品的 质量控制。这类产品的质量控制应在进行巴氏灭菌后，用磷酸酶试验进行验证。
然而，很多经过巴氏灭菌的奶在很容易造成巴氏灭菌后污染，导致沙门氏菌或弯曲 杆菌肠炎的暴发。一个分流阀的狹缝污染造成了疾病的暴发；菌体污染了与清洁的环路 连接的管道的阀门也曾引起过疾病暴发。这都是因为极少量污染了致病菌的生奶进人 巴氏灭菌奶，而磷酸酶试验又检测不到这类污染，从而造成疾病的暴发：巴氏灭菌后的 奶加人其他风味饮料或热敏成分同样可能造成污染。美国曾暴发的鼠疫就是这样发生 的；当吋，加工厂在巴氏灭菌奶巾添加了巧克力糖浆，由此带入了小肠结膜炎耶尔森氏菌。
因此，除了可用于质量控制的磷酸酶试验外，微生物评估也能起到保证质量的作用， 它通过对产品的生产、发放和销售的评估，来确定下一批产品的是否合格：显然，此时使 用控制流程图十分有用。
在30~32℃进行需氧嗜温菌计数，也可进行大肠杆菌或总肠道菌计数。巴氏灭菌 后，总活菌数不能超过30000/mL(新鲜巴氏灭菌奶应小于5000/mL)。在1ml产品中应 检测不到肠道菌(或大肠杆菌）。
巴氏灭菌奶在食用前冷藏保存，所以30℃需氧嗜温菌计数会有所增加（在30℃下培 养时还可检出多数嗜冷嗜温菌）。但在保存良好的巴氏灭菌奶中，大肠杆菌和其他肠道细 菌不应当增加。所以在批发零售的奶标准中,不允许这些菌增殖。
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