Eberth(1880)及Gaffky(1884)最早发现了伤寒杆菌，Salmon和Smith(1885)有患猪霍乱的猪分离出猪霍乱杆菌，1990年为级联猪霍乱杆菌的共同发现者美国细菌学家D.E.Salmon，因此，并本菌属之名为沙门菌属（Salmonella genus）。由于人类对沙门氏菌的认识日益加深，对沙门菌属的定义亦在不断完善。
在《肠杆菌的定义》第4版（1986）中沙门菌属是由符合肠杆菌科和沙门菌族（Salmonelleae)定义，能运动的细菌所组成。产生H2S，甲基红阳性，能脱羧赖氨酸、精氨酸和鸟氨酸，不形成靛基质和不水解尿素，（V-P）试验阴性，苯丙氨酸和色氨酸不脱氨。极大多数亚种Ⅲa、Ⅲb菌株能发酵乳糖。但亚种Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ（即S.bongori，下同）的菌株不发酵乳糖。蔗糖、侧金盏花醇、棉子糖不产酸，a-甲基葡糖苷阴性。亚种Ⅰ、Ⅱ、 Ⅴ菌株能利用卫茅醇；但亚种Ⅲa、Ⅲb和Ⅳ卫茅醇阴性。亚种Ⅲa、Ⅲb、 Ⅳ或Ⅴ菌株不发酵肌醇。
《Bergey’s鉴定细菌学手册》第9版（1994）对沙门氏菌的描述为：沙门菌为G-直杆菌，大小（0.7-1.5)μm× （2.0-5.0)μm，菌落直径2-4mm。通常具有周鞭毛，能运动，兼性厌氧，最适培养温度37℃，发酵D-葡萄糖及其他糖类产酸，通常产气，氧化酶阴性，触酶阳性，靛基质和V-P试验阴性，甲基红（MR）试验及西蒙枸橼酸盐阳性，赖氨酸和鸟氨 脱羧阳性，精氨酸双水解酶反应不定。产生H2S，不水解尿素，氰化钾培养基生长和利用丙二酸盐不定，能还原硝酸盐，通常发酵L-阿拉伯糖、麦芽糖、D-甘露醇、 D-甘露糖、L-鼠犁糖、D-山犁糖和D-木糖。
早期细菌的分类主要依据细菌形态、生化和血清型特性，将沙门菌属分类为各种不同的血清型，1960年考夫曼根据沙门菌属生化特性，将沙门菌属分为4个亚属（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ）。20世纪80年代初期，由于将噬菌体的裂解实验和DNA相关度的研究资料应用于沙门菌属的分类。因此，对早先的一些细菌分类做了必要的变更，其中包括亚利桑那菌属由原先肠杆菌科的独立菌属，归入沙门菌属亚种Ⅲa和Ⅲb。DNA相关度研究显示，考夫曼的4个亚属分类与勒密诺
的DNA群分类相一致。之后勒密诺根据DNA分群将亚利桑那菌分为Ⅲa（单相）和Ⅲb（双相）2个亚种，并将一些生化不典型的沙门菌按DNA相关度进一步分为亚种Ⅵ，原先的亚种Ⅴ也升为种级分类。因此勒密诺最终将沙门菌属分为肠道沙门菌和邦戈尔沙门菌两个种，并将肠道沙门菌分为6个亚种。
2007年WHO国际沙门菌协作和研究中心将怀特-考夫曼表解（K-W表解）更名为怀特-考夫曼-勒密诺表解（WKLM表解），从1934年首次公布的K-W表解仅包括44个血清型，70多年来不断增加了大量的新的血清型，截止2007年1月出版的WKLM表解第9版已经包括2579个血清型。
在历史文献中通常以所致疾病名称、分离菌的地名、人名、船名等多种方式表示，目前规定肠道沙门菌肠道亚种（亚种Ⅰ）给予专用名，并采用标本分离地址的地名等，菌名的外文第1个字母需大写。如：S.Typhimurium 。
邦戈尔沙门菌和肠道沙门菌的其它亚种均不给予专用名，只在亚种数字名（罗马数字）后直接书写抗原式表示。如：S. Ⅴ66:z35:-；S. Ⅲb47：z52:1。用罗马数字虽不易书写，但可避免与O抗原数字混淆。所以，理应执行WHO国际沙门菌协作和研究中心采用罗马数字的规定。
沙门菌分类在许多实验室受重视程度不同，有关沙门菌实验室分离和鉴定的许多书籍中的一些理论已经和现在的分类出现了分歧，许多实验室人员对微生物分类和命名有关的心理了解不足而造成国内有检测能力的许多实验室的有经验的技术人员没有及时正确的报道分离的新型沙门菌血清型，事实上目前国内已经报道的沙门菌型数远远落后于已经别发现的沙门菌型数。沙门菌有个种，6个亚种的分类模式与亚种之间的生化特性是现阶段鉴别沙门菌亚种与血清型的理论，其形式并不是不变的，可能还将继续发展和丰富，只不过在现阶段全球范围内正处于理论平衡的阶段。
有关沙门菌的书写目前在国内没有明确规定，所以无法诠释应该过不应该选侧何种书写形式，纵观全球范围也没有同意推荐的书写形式，但在欧洲与美国有相对统一的书写形式。
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