霍乱： 在病人使用抗菌药物前采粪便或肛拭子放入碱性蛋白胨水或卡—布运送培养基中送检；外环境未消毒处理前采集可疑水源和食品，水体可直接采水法或纱布块集菌法，食品一般取50-100克样品放入无菌广口瓶或塑料袋内。
鼠疫 ：发病早期采血、痰、淋巴结穿刺液，采静脉血5ml，其中3 ml分离血清供血清学检测用，其余作镜检、培养和接种动物作分离病原体用。另根据各型特点，采集不同部位的材料。
伤寒副伤寒 ：发病早期未用抗菌药前采血，静脉采血3-5 ml，分离血清备用，搅碎血块，放入20-30 ml葡萄糖胆汁肉汤中作分离培养，如取粪便作病原分离，应在用抗菌素前或停药后2天采新鲜粪便3-5克。
细菌性痢疾 ：病原分离在使用抗菌药前采肛拭或留便送检。
流行性脑脊髓膜炎 ：采集病人咽拭子作直接镜检和病原分离，尽量将培养皿保温带到现场，进行床旁接种，并注意保温运送；采发热期静脉血2-3ml，分离血清，既可作快速测定抗原亦可作为双相血清测特异性抗体。
钩端螺旋体： 采发病早期和恢复期血液分离血清作抗体检测；采病人尸体或解剖动物的肾、肝、肺淋巴结。
布鲁氏菌 ：布鲁氏菌既可感染人和家畜，又可感染和寄生于几十种野生动物，因此要根据具体情况进行采样。
肘静脉抽取病人及可疑者血2-5 ml，放入含5%柠檬酸钠液的试管中作病原分离培养用；牲畜从颈静脉采血，处理方法同上。
动物流产胎儿 各类牲畜的流产胎儿清水冲洗后，放入3%的来苏儿液中浸泡30分钟以上，在无菌条件下解剖，分别从淋巴结、肝、脾、胃内容物、肺和脊髓取样，直接接种于培养基上。
流行性感冒 ：采发病3天内流感样病例（T≥38℃、伴有咽痛或咳嗽症状之一者,缺乏其它实验室确定诊断依据 ）的咽拭子或鼻咽拭子放入5 ml采样液中或用采样含漱液采样，冷藏运送至实验室。没有服用过抗病毒药物
麻疹：作病毒分离的样品，要在前驱期或出疹初期采咽拭子放入病毒保存液中迅速送回实验室；作血清学诊断的样品，则在出疹后1周-2周采血，必要时间隔1周再采1次
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