食品中的微生物标准主要有三种，一种是评价品质用的指标菌，间接地表示食品腐败变质的程度及劣化程度，我国最常用的是菌落总数、霉菌和酵母计数。然而对奶及奶制品等低温流通食品，需考虑低温菌。对调味品等需考虑需氧芽胞杆菌。乳酸菌也是食品劣化的指标，但用乳酸菌生产的食品又当别论。第二种是评价安全性的致病菌，常见的食物中毒菌是重要的对象微生物，如沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌等。第三种是评价食品的质量和安全性两方面的指标菌，包括大肠菌群、粪大肠菌群、肠杆菌科。三者的卫生学意义由大到小依次为肠杆菌科粪大肠菌群大肠菌群。我国最常用的是大肠菌群。
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