应使用微生物菌种保藏专门机构和同行认可机构保存的、可溯源的标准或参考菌株。
应对从食品、环境或人体分离、纯化、鉴定，未在微生物菌种保藏专门机构登记注册的原始分离菌株（野生菌株）进行系统、完整的菌株信息记录，包括分离时间、来源，表型及分子鉴定的主要特征等。
实验室应保存能满足实验需要的标准或参考菌株，在购入和传代保藏过程中，应进行验证试验，并进行文件化管理。
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