霉菌分类的困难关键在于培养特征的观察和描述。使用检索表时一定要对每一分类特征判断清楚，以免因一次错误而误入歧途。经常进行霉菌分类鉴定的单位或部门需要专人负责这项工作，临时人员是无法胜任的
常见霉菌分类鉴定程序
鉴定时先肉眼观察平板上生长的单个菌落，注意其颜色、质地等。
然后用显微镜由低倍镜、高倍镜至油镜观察，注意菌丝形态、孢子梗和有性器官形态等。
菌落颜色，包括分生孢子、孢子梗、菌丝颜色；分生孢子梗形态与菌丝区别、着生位置、单生或丛生或束状；分生孢子类型、表面结构、形态、着生位置和产生方式；分生孢子器的有无及形态，……。这是鉴定时一定要仔细观察的指标。
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