1.经典的生化鉴定方法系通过47项生化学试验鉴定到属和种，再用因子血清分型，手续繁琐。
2.实验室的常规方法一般只通过三糖铁琼脂或其他类似方法筛选菌株后，用多价和单价因子血清作玻片凝集试验分型。这种方法实际上并未将培养物鉴定到属和种，筛选出来的培养物包含了几个属、种的可能性。
3.使用微量生化板和微量生化管，在操作上比经典生化试验简单得多。但由于微量生化板和微量生化管的生产技术问题，有些极重要的生化项目未被采用，如KCN试验是无法制成反应纸片和微量管；有些生化反应纸片和微量管制成后容易失效，常不能使全部阳性反应都如实显示出来。一般来说，采用微量生化试验鉴定菌种，比单用三糖铁琼脂要好得多，一般可以鉴定到属和种，结果比较准确，但误诊的情况仍有发生。
4.微生物自动分析仪则有比较多的问题，也是因为它不能将某些重要的试验列入其中，如氰化钾、克氏pH7.2尿素酶试验等。
5.荧光抗体技术可检测出标本中病原细菌的存在。其原理是用已知的抗体血清，与标本中的细菌抗原相结合，采用荧光技术使结果显示出来。由于荧光抗体技术是抗原抗体反应，所以不能代替病原细菌的分离培养。
随着DNA分子杂交技术在细菌分类学领域中的应用，派生出用于细菌属、种鉴定的DNA探针技术和聚合酶链反应（PCR）技术。
6.DNA探针是筛选出来的DNA片段，可以特异性地与标本中特定病原菌DNA相结合，从而测知标本中特定病原菌的存在。但DNA探针技术还不够成熟，尚在研究中。
7.PCR技术是人工扩增已知DNA片段的技术，可使目的基因迅速扩增百万倍，灵敏度极高。
尽管如此，DNA探针技术和PCR技术由于对特定的技术要求很高，在一般实验室常易使探针和引物污染而导致假阳性反应，故尚不适宜用作常规试验方法。
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