细菌的特殊结构包括荚膜、鞭毛、菌毛、芽胞。
一、荚膜Capsule
某些细菌细胞壁外围包绕一层界限分明、不易被洗脱的蒙古液性物质，其厚度≥O.2μm ，称为荚膜；厚度＜0.2μm 者，称为微荚膜。荚膜对碱性染料的亲和性低，不易着色，普通染色只能看到菌体周围有一圈未着色的透明带;如用墨汁作负染色，则荚膜显现更为清楚( 图1 - 7) 。
二、鞭毛Flagella
所有的弧菌、螺菌，大多数的杆菌以及极少数球菌，在菌体上附着有细长呈波状弯曲的丝状物， 是细菌的运动器官，称为鞭毛。鞭毛纤细长3~20μm ，直径仅1O ~ 20 nm ，不能直接在光学显微镜下观察到。经特殊的鞭毛染色使鞭毛增粗并着色后，才能在光学显微镜下看到(图1-8) ，也可直接用电子显微镜观察(图1-9）。
按鞭毛的数目及其排列，可将有鞭毛的细菌分为四类(图1 - 10): 单毛菌( monotrichate) 、双毛菌(amphitrichate) 、丛毛菌( lophotrichate) 和周毛菌( pe ritrichate ) 。
三、菌毛Pili , Fimbriae
许多革兰阴性细菌菌体上有比鞭毛更细、短而直硬的丝状附属物，称作菌毛。菌毛数目较多(lOO~500 根) ，遍布菌体表面，化学成分主要是蛋白质(菌毛蛋白)，光学显微镜下看不到需借助电子显微镜观察(图1-11) 。
根据菌毛的形态、分布和功能，又分为普通菌毛(common pili ) 和性菌毛( sex pili ) 。普通菌毛数量较多(可多至数百根) ，均匀分布于菌体表面，作为一种站附结构，帮助细菌黏附于宿主细胞的受体上，构成细菌的一种侵袭力;性菌毛仅见于少数革兰阴性菌，比普通菌毛长而粗，但数量少(l ~4 根) ，并随机分布于菌体两侧。带有性菌毛的细菌具有致育性，称F+ 菌。当细菌间由性菌毛结合时， F+ 菌可将毒力质粒、耐药质粒和核质等遗传物质通过管状的性菌毛输入F+ 菌，从而使F+ 菌也获得F+ 菌的某些特征。此外，性菌毛也是某些噬菌体吸附于细菌表面的受体。
四、芽胞Spore
某些细菌在一定的条件下胞质脱水浓缩，在菌体内形成由多层膜包裹的圆形或卵圆形小体，称作芽胞。芽胞带有成套的核质、酶和合成菌体成分的结构，能保持细菌的全部生命活性。芽胞形成后，菌体即成空亮。在适当的条件下，芽胞又可发芽而形成新的菌体。产生芽胞的细菌都是革兰阳性细菌，与医学有关的是需氧芽胞杆菌和庆氧芽胞梭菌。芽胞折光性强，壁厚，不易着色，需经媒染和加热染色，在光学显微镜下可见。芽胞的大小、形态及在菌体中的位置随菌种不同而异(图1 - 12 ) 。
成熟的芽胞具有多层厚膜结构。芽胞核心是芽胞的原生质，含有细菌原有的核质和蛋白质( 主要是核蛋白体和酶类) 。核心的外层依次为内膜、芽胞膜、皮质层、外膜、芽孢壳和芽胞外壁，形成坚实的球状体(图1 - 13) 。
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