食品微生物学一般不包括对粮食的检测。由于细菌(包括放线菌和链霉菌)在数量上
远大于真菌，粮食中的微生物种类差异特别显著。在20~25℃培养时，细菌的数量通常比在37℃下培养的数量要多。何当谷物发酵时，不仅细茵数量增加，而且在37℃培养后的菌体数量与20〜25℃培养的菌体数量的比例也会增加。
微生物工作者最关心的是对真菌生长的程度的评估，因为真菌在粮食中的生长能造
成谷物的腐败，另外真菌生长产生的代谢物也会产生严重的潜在危害。
紫色麦角菌（Claviceps purpurea）的毒性已众所周知,许多文献中对此已作过详尽的报道。简单的感官检验方法很难检测被麦角菌污染的谷物(及污染后）的浓度，这些谷物被污染后慢慢变成了紫黑色的麦角菌硬粒。
包括青霉菌、曲霉菌、镰刀菌及链格孢在内的大部分的真菌能够产生大量的真菌毒素。这些真菌毒素的化学结构很复杂，用微生物学方法或化学检测法将食品中的所有产毒真菌或毒素全部检测出来是很困难的。但某些真菌毒素对公众健康影响极大，所以针对不同的毒素必须采用相应的特定方法。与谷物相关的毒素包括：
（1）赭曲毒素 由不同类型的青霉菌和曲霉菌产生的，曾引发了中欧巴尔千半岛地方流行性肾炎。
（2）单端孢霉毒素 主要由镰刀菌产生，引发了俄罗斯的貪物中毒性血小板减少症，此病又在中国和印度再次发生。
（3）镰刀菌素 由镰刀菌和链格孢产生，可引起食道癌。
Miller和 Trenholm在报道中提到粮食中的真菌毒素(除黄曲霉毒素外)主要是由曲霉菌、青霉菌和链格孢产生的。世界健康组织（IPCS. 1990）在《化学安全国际纲要》中也报道了赭曲霉素、单端孢霉毒素和麦角菌的检测分析程序。
显然，按照前文的概念只检测面粉和粮食上的霉菌总数并不能得到粮食中真菌毒素的相关信息，因为平板上的霉菌菌落可能是由孢子或大小不一的菌丝片段所形成。检查黄曲霉毒素等特定的毒素时会用到化学领域的检测或评估方法。要评估未知的真菌毒素的危害性，就必须检测活菌体的数量〔如用改良的霍华德霉菌计数法〕。所有以显微镜计数法为基础的标准都具有一定的主观性和经验性。特别应该强调的是，食品中存在已知的产毒真菌并不能就说明食品本身有毒素存在。这是因为：①一个菌种的毒性基因会因菌株的传代而发生变异；②毒素的产生依赖于酶的催化和环境温度和pH的影响。现在已经了解到面粉和谷物（以及其他食品）中的毒素主要是由真菌产生的。所以建议所有经霍华德霉菌计数法检测的样品，只要其阳性视野率达到20%，就应检测食品中的真菌毒素。
很明显，要想有效的解决面粉、谷物中的真菌毒素问题，必须对从农场到消费者的各个环节实施危害分析和关键控制点（HACCP）程序，以防止真菌的产生。这个质量管理方面的观点是由Kuiper-Goodman(1994)提出的。
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