人体肠道正常菌群与宿主间的关系，主要是互生关系，但在某些特殊条件下，亦会转化成寄生关系，现介绍如下。
人体的大肠中经常生活着60〜400种不同的微生物，在一个人的肠道中，占粪便干重三分之一的是细菌，总数约100万亿个。目前，肠道正常菌群中仅约10〜25%的种类已经弄清楚。其中厌氧菌占了优势。在厌氧菌中，以脆弱拟杆菌、产黑素拟杆菌和核梭形杆菌这三种无芽孢革兰氏阴性厌氧菌含量最高。例如，每克湿粪中B.fragilis的含量就达1010〜1011；其次是Bifidobacterium.spp.(双歧杆菌屑的一些种)。好氧菌的数量低于粪便含菌量的1%，主要种类是E.coli和粪链球菌。
人体肠道中的正常菌群对机体主要有以下几方面的作用：
(1)排阻、抑制外来致病菌 数量巨大的肠道正常菌群可排阻、抑制外来肠道致病菌，例如霍乱弧菌等的感染。
（2）提供若干维生素 据研究，E.coli可在肠道中合成若干种维生家供人体利用，例如维生索B1，B2，B6，B12，K，烟碱酸，泛酸，生物素和叶酸等。
（3）产生若干酶类(枯草杆菌）会产生淀粉酶，有些细菌还产生蛋白酶和脂肪酶。
〔4〕一定程度的固氮作用 有人发现，新几内亚人以甜薯作为其主粮（占食物的80〜90%），而甜薯是含蛋白质极低的食物。可是，当地人的蛋白质供应似乎并不缺少。经研究，发现其肠道内生活着一种能在厌氧条件下进行固氮的(肺炎克雷伯氏菌〉，它们可把固定的氮素通过肠壁进入血流，以补充人体蛋白质的不足。
（5）产生气体和粪臭物质 肠道内的正常菌群在其代谢过程中会产生很多〔400〜650ml/天〕气体，例如C02、CH4、H2、H2S和NH3等，还会产生胺类、吲哚和粪臭素等臭味物质。
当然，正像前已述及的，有的肠道正常菌群在着生部位改变或环境条件改变时会变成致病菌；有的在人们滥用抗生素或抵抗力减弱时会从弱势菌变成优势菌，例如白色假丝酵母，俗称“白念”、一些耐药性细菌、若干霉菌和空肠弯曲菌等，从而引起人们患病。目前，人们已经可用口服某些活微生物制剂来治疗由于长期服用广谱抗生素而引起的正常菌群失调的腹泻症，例如，含蜡状芽孢杆菌的“促菌生”可为肠道创造良好的厌氧环境，促进两歧双歧杆菌的繁殖，以防治慢性肠炎、痢疾和幼儿腹泻症；又如，含抗药性粪链球菌的活菌制剂，可以治疗因长期服用抗生素和磺胺类药物引起的肠道正常菌群紊乱症及急、慢性肠炎，等等，这种活微生物制剂又称微生态制剂，很有发展前途。
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