“指示菌”一词可用于任一群在分类学.生理学或生态学上相似的微生物.它们的存在与否可指示样品在过去或现在所具有的而不能直接证明的某些特征。指示菌通常是肠道菌，但某些情況下其他菌群也可作为指示菌，例如，如果食品已经过热处理，但依然存在革兰氏阴性菌，说明热处理不够彻底(相对于这些细菌的起始数)或热处理后又被污染、大肠菌群只是革兰氏阴性菌的一类，对热处理没有太灵敏的指示作用，但现在仍使用大肠菌群计数检测食品的热处理后的效果，“指标菌”一词是1977年由Ingram出，作为指示生态恃征相似的一类致病菌的可能存在的标志，同时保留了上段所定义的指示菌含义。
指示菌用于品质鉴定的历史可追溯到饮料添加剂中的微生物检测，当时用大肠杆菌等肠道共生菌的检测来指示是否有肠道致病菌存在。即大肠杆菌被用作指示菌（或我们所定义的指标菌），指示菌需满足以下条件：
（1）凡有致病菌存在的地方就要有它的存在;
（2）数值要比致病菌多得多；
（3）对环境或其他处罝过程的抵抗力比致病菌强。
多年来，指示菌的使用都能满足这些条件;例如沙门氏菌被用作菌体受氯化作用影响的指示菌，但有证据表明灭活某些病原性病毒要比杀灭指示菌慢得多，隐形虫属的孢囊对氯消毒法也有非常强的抵抗力。
如果我们将大肠杆菌作为食品中肠进致病菌的指示菌,在对许多食源性疾病的检测中，按照上述条件,它至少有一条不能满足要求。虽然缺乏直接的证据，但用食品中不存在大肠杆菌来作为食品的安全标志仍值得怀疑。
食品微生物中理想的栺示菡或指标菌的特征如下：
（1）指示菌应能够以一种阳性方式间接指示出要评价的环境；
（2）它应与被评估的环境有数量相关关系，而且这种关系应便于其自身的评估；
（3）它应通过简单的特征或反应对细菌的族或种作出明确的判断；
（4）它在人工培养基中的生长不受任何其他救生物的影响；
（5）除非其分布的特性与所要评价样品的分布特性一致，否则它在样品中应随机分布。
常用的指示菌和指标菌将在下文分别讨论。
大多数指示菌和指标菌的计数常用选择性培养基，但在复苏阶段使用非选择性培养基能获得较高的复苏率。
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