低浓度细菌计数常采用多管技术，而普通的活菌计数则通常采用菌落计数法（见
5.1)。一般情况下，检测食品中的细菌总数时，因为不了解食品中细菌的种类，所以很难选择适当的培养基和培养条件。因不同细菌的营养和生理条件不同，也就不可能获得真实的活细菌数值。
一个样品中的细菌种类可能有专性需氧菌、专性厌氧菌、兼性需氧菌等，其中，有些细菌在37℃生长良好，但不能在20℃生长；有些细菌在20℃生长良好，但不能在37℃生长，而另一些菌在这两种温度条件下或许均能生长。即使用四套平皿同时培养——第一套在20℃培养需氧菌,第二套在37℃培养需氧菌，第三套在20℃培养厌氧菌，第四套在37℃培养厌氧菌，也不可能得到活菌总数，因为在培养时会有一些未知菌生长且被重复计数。所以,不应将需氧嗜温菌计数作为细菌的总数——这并不符合事实。
在选择培养基时，也会出现类似的问题。菌落计数法和多管计数法可用于检测适当
培养条件下有活性的细菌数。也就是说,菌落的生长(琼脂培养基内或表面)或试管的浑浊仅能说明细菌在该培养条件下具有活性，而不代表其在加工过程或消费环境下具有活性。这个差别非常重要，例如当细菌在加工或贮存过程中被破坏或损伤时，将食品样品用细菌总数(显微镜镜检）和活菌计数两种方法同时检测，若细菌总数高而活菌数低,并不一定就意味着显微镜观察到的多数细菌已经死亡，也可能只是因为这些细菌在计数培养基上不能增殖。
食品微生物工作者必须根据工作经验选择一种或多种培养条件，一般而言，应该选择大多数样品都能得到最高计数的培养条件。在大多数情况下可供选择的培养条件如下：
0-10℃ 嗜冷菌汁数
20-30℃ 嗜中温菌计数
35~37℃（或45℃） 恒温动物的共生菌或寄生菌的计数
55-63℃或更高温度 嗜热菌计数
嗜冷菌的计数最好采用表面计数技术，这样可避免将细菌置于热琼脂当中。真正的
嗜冷菌除寄生在海产品当中外，不能在其他食品中存活，而且一旦暴露在周围的环境中就会死亡。如果怀疑有嗜冷菌存在，样品稀释液和平皿必须先存放在10℃以下预冷。
培养基成分越复杂，能够生长的细菌种类越多。因此，在葡萄糖胰蛋白胨酵母浸膏琼脂上生长的细菌种类比营养琼脂多的多。用营养球脂进行冻生肉的活菌计数，结果小于10000个/g。而用平板计数琼脂计数，结果为每克几百万个。之所以如此,是因为在食品中占优势的菌群是肠道球菌，它在有葡萄糖存在的条件下才能生长。对于某些样品，在培养基中增加血清,蛋黄或牛奶等可提高计数结果。但通常不添加这些物质，因为这样要增加费用，而且使培养基的制备过程更为复杂(血清、蛋黄必须在倒平板前迅速加入）。
如果要分离腐生菌，那么培养基至少应部分模拟寄生菌的栖息环境。例如添加0.1%
脱脂乳的平板计数琼脂常用于日常用品的检测。此外，培养温度应与食品的储存温度类似。为了找到合适的培养条件，可用显微镜直接对稀释液进行检测。如果在显微镜下观察到某特定形态的细菌，而在分离培养基上未分离到该菌，则很可能是因为分离环境不适合该类细菌的生长。很多情况下，食品或其他环境下的典型细菌不能够生长都是由于没有在培养基中添加食品成分或适于细菌在该环境下生存的成分，Varnam和Grainger给出了一个比较显微镜检测和平板分离细菌的好例子。他们在用显微镜检测咸肉腌制水中的优势菌时，发现革兰氏阴性杆菌占优势。但是，在用培养基检测时,必须在培养基中加人18%~20%的氯化钠和15%〜20%过滤除菌的猪肉浸汁才能检测到这些革兰氏阴性杆菌。他们随后得出结论，猪肉浸汁并不是培养基中必须的营养成分，其作用是除掉培养基中的过氧化物。
因此，建议可用二氧化锰代替猪肉浸汁。
对于用蒸馏水（而不是海水）配制的培养基，许多海洋细菌则不能生长。
在研究某栖息地中的微生物组成时，需经常对添加成分的有效性进行测试。但解释
或比较某些细菌的形态学特征时必须小心，因为它们（如棒杆菌）在样品和培养基中呈现出的形态学特征对能不同。
对含有霉菌和酵母菌的样品进行细菌计数的培养基中，必须添加抗真菌的抗生素，如可添加10mg/kg的环己酰亚胺。
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