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第一法:多管发酵法
培养基和试剂
乳糖蛋白胨培养液
伊红美蓝琼脂
革兰氏染色液
推测性试验
1、在2个装有50ml三倍浓缩乳糖胆盐培养液的大试管或烧杯内个加入水样100ml。
2、在10支装有5ml三倍浓缩乳糖胆盐培养液的试管中各加入水样10ml。
3、轻摇试管使液体充分混匀，置36℃±1℃培养箱中，培养24h。
4、观察每管是否产气，如果不产气则报告为大肠菌群阴性；反之则推测性试验阳性，需做进一步的证实试验。
证实试验
1、平板分离
自推测性试验的阳性管中取一接种环培养液，接种到伊红美蓝琼脂平板上，置于36℃±1℃培养箱培养18~24h，观察菌落形态，典型的大肠菌群菌落为黑紫色或红紫色，具有金属光泽。
2、复发酵试验
挑取可疑大肠菌群菌落1或2个进行革兰氏染色，同时接种乳糖发酵管，于36℃±1℃培养箱中，培养24h。
3、凡乳糖发酵管最终产酸、产气、革兰氏染色为阴性的无芽孢杆菌，为大肠菌群阳性，记下证实试验的阳性管数，查总大肠菌群（MPN）检索表得出1000ml水样中大肠菌群的MPN值。
第二法：滤膜法
1、滤膜灭菌：将滤膜放入含蒸馏水的烧杯中，煮沸灭菌三次，每次15min，前两次煮沸后需更换水洗涤2~3次，以除去残留溶剂。
2、滤膜灭菌：用121℃高压灭菌20min或用点燃的酒精棉球火焰灭菌。
3、水样过滤：用无菌镊子夹取灭菌滤膜边缘部分，将粗糙面向上，贴放在滤床上，固定好滤器，将100ml水样（如水样含菌数较多，可减少滤水样或将水样稀释）注入滤器中，打开滤器阀门，在一0.5×105 Pa（-0.5大气压）下抽滤。
4、培养：水样滤完后，再抽气约5s，关上滤器阀门，取下滤器，用灭菌镊子夹取滤膜边缘部分，移放在乳糖琼脂分离培养基上，滤膜截留细菌面向上，滤膜应与培养基完全贴紧，两者之间不得留有气泡，然后将平皿倒置，放入36℃±1℃恒温箱内培养18~24h。
5、挑取滤膜上符合下列特征的菌落进行革兰氏染色，镜检。
紫红色，具有金属光泽的菌落；
深红色，不带或略带金属光泽的菌落；
淡红色，中心色较深的菌落。
6、将革兰氏染色为阴性的无芽孢杆菌接种到乳糖蛋白胨培养液中，于36℃±1℃培养48h，产酸产气者证实为大肠菌群阳性。
7、计算滤膜上生长的证实为大肠菌群的菌落数，在乘以10即为每1000ml水样中的大肠菌群数。
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