细菌的个体很小，通常用微米（um）作为测量单位 。测量球菌大小只测量其直径。
一般球菌直径在0.5—5um之间。测量杆菌和螺旋菌则需测量其长度和宽度。但测量螺旋菌长度时，一般只测量其弯曲形长度，而不是测量其真正的总长度。杆菌一般长1—5um，宽为0.5—1um。
细菌的大小可用测微尺在显微镜下进行测量。由于菌种不同，细菌的大小存在着较大的差异；染色方法不同，同一种菌种测出的结果往往不一样；细胞的大小常随着菌龄而发生变化，一般幼龄细菌比成熟的或老年的细菌大得多。 以鉴于以上的原因，有关细菌大小的记载，常是平均值或代表性数值。
单个细菌细胞的质量为10-10——10-9mg，即每g细菌约含1012—1013个细菌菌体。
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