细菌细胞壁内有许多结构。下面介绍其中重要的几种结构：
（1）细胞膜
细胞膜是紧贴在细胞壁 内的一层柔软而又富有弹性的薄膜。在电子显微镜下观察，细胞膜厚度为7—8nm。其基本构造为双层磷脂，蛋白质有些穿过磷脂层，有些位于表面。
细菌的细胞膜约占细胞干重的10%，含60%—70%的蛋白质，20%—30%的脂质，少量的多糖。细胞膜所含 的脂质均为磷脂。磷脂由磷酸、甘油、脂肪酸和含氮碱组成。
细胞膜具有重要的生理功能。它是有高度选择性的半透性薄膜，控制营养物质及代谢产物的进出。细胞在细胞膜上有着丰富的酶系，如细胞色素氧化酶、氧化磷酸化酶系、电子传递系统等，它们起着传递 电子和氧化磷酸化的作用。由于细胞壁、荚膜的前驱物质结合在细胞膜的脂质上，所以又认为细胞膜与细胞壁、荚膜的生物合成有关。
（2）中体
细胞膜内陷而成的层状、管状或囊状物，称为中体。革兰氏阳性细菌尤为明显。中体的化学组成与结构和细胞膜相同。它的功能目前还不完全了解。据推测可能与细胞壁的合成、核质分裂、细菌呼吸和芽孢形成有关。有人认为，它在细菌中相当于高等生物中线粒体的作用。
（3）细胞质
细胞膜内包裹着的一团胶体中，除细胞核以外均为细胞质。它是无色、透明、黏稠的胶状物质，主要成分是蛋白质、核酸、脂质、水分、多糖类及少量无机盐类。由于细胞质内存在着较多的核酸，所以呈现较强的嗜碱性，幼龄细胞尤为明显。细胞质中存在着各种内含物，主要有以下几类：
核糖体 核糖体是分散存在于细菌细中的沉降常数为70S的亚微颗粒，是细胞合成蛋 白质的场所。它由RNA与蛋 白质组成，其中RNA占50%—60%，蛋白质占40%—50 。
质粒 质粒是一种微小的染色体外的遗传物质。它是一小段环形双股DNA，能在细胞质中自行复制。它与细菌的遗传变异有关。
异染颗粒 异染颗粒主要成分是多聚偏磷酸盐，是一种嗜碱性的酸性小颗粒，故易被碱性染料着色。
多糖颗粒有些细菌能积累多聚葡糖在细胞质中。多糖颗粒一般以肝糖或淀粉粒的形式存在。用碘液染成红棕色的是肝糖粒，染成蓝色的是淀粉粒。
聚β-羟丁酸颗粒颗粒是易被脂溶性染料着色的脂肪颗粒。
硫粒硫粒存在于硫细菌中。液泡和气泡有些细菌细胞中有气泡；许多细胞衰老时，出现液泡。用中性红染色时，可以显示出来。它可起调节渗透压的作用。
伴孢晶体 有的芽孢杆菌，如苏芸金杆菌在芽孢形成过程中，能同时形成一个菱形的伴孢晶体。它是一种碱性的蛋白质，对多种昆虫有不同程度的毒杀作用。
不同微生物其贮藏内含物是不同的；同一种菌种在不同的培养条件下，内含物的成分也会不同；但同一种菌种在相同的环境条件下，内含物是一定的。
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