霉菌的有性繁殖是不同性别的细胞经过结合（质配和核配 ）后，产生一定形态的孢子来实现的，这种孢子称为有性孢子。繁殖过程可分为 3 个阶段：第一个阶段为质配；第二个阶段为核配，产生二倍体 的核；第三个阶段是减数分裂，恢复核 的单倍体状态。大多数真菌菌体是单倍体的。
有性孢子通常有下列几种：
（1）卵孢子
菌丝分成雄器和藏卵器。藏卵器中有一个或数个卵球。当雄器和藏卵器相配时，雄器中细胞质与细胞核，通过受精管而进入藏卵器， 与卵球结合形成卵孢子。
（2）接合孢子
接合孢子是由菌丝生出形态相同或略有不同的配子囊接合而成。两个邻近的菌丝相通，各 自向对方伸 出极短的侧支，称为原配子囊。原配子囊接触后，顶端各自膨大并形成横隔，形成配子囊。配子囊下面的部分称为配子囊柄。相接触的两个配子囊之间的横隔消失，细胞质和细胞核相互融合，同时外部形成厚壁，即为接合孢子。产生接合孢子的方式有同宗配合和异宗配合两种。异宗配合需要两种不同性质的菌系的菌丝相遇后才能形成，而这两种有亲和力的菌系在形态上并无区别，所以通常用“+”和“—”符号来代表。
（3）子囊孢子
形成子囊孢子是子囊菌 的主要特征。子囊是一种囊状结构，形状因种而异。子囊中孢子数目为2的n次方，通常为1—8个。典型的子囊中有8个孢子。
霉菌形成子囊和子囊孢子要比酵母菌复杂得多。它们都是由形态上具分化的两性细胞接触后形成的。大多数霉菌的子囊是包在特殊的子囊果中。子囊果有3种类型：闭囊壳、子囊壳和子囊盘。
子囊孢子的形态、大小、颜色、形成方式等，均是子囊菌的特征，常作为分类鉴定的依据 。
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