1、肠套叠
一般为回肠跑进大肠，90%的小朋友会出现呕吐、肚子痛或一阵一阵的哭闹、肚子摸到香肠状的肿块、合并血便，痛时腿甚至会往肚子上抬，不痛的时候又好好的；可能会合并胆汁液的呕吐，严重者会有昏睡、休克或抽搐、高烧不退的情形；发生机率为每一千位新生儿中就有一到四个，60%发生于一岁以下的小朋友，80%于两岁以下。
七成以上的肠套叠找不到原因，目前病例中以腺病毒及轮状病毒较明显；开刀治疗的复发率较低，约0%至3%左右。
2、胆道囊肿
虽不常见却很重要，形成的原因一般认为在胎儿期即有某一段胆道壁较薄，日后因疸汁的累积而形成；也有另一说法为［后天］，由于胰脏酵素逆流或胆道发炎造成胆道黏膜破坏而形成。如果不治疗，可能会形成胆道感染、肝硬化，甚至可能会自然破裂或因为撞击而破裂。平均每四万个小朋友中出现一个病例，尤其是日本及中国人比欧美国家更为常见，女孩为男孩的四倍，75%出现在16岁以前。手术切除囊肿为唯一的治疗方法，可避免日后造成更严重的并发症。
3、儿童肝脓疡
一般为细菌或阿米巴原虫经由胆道或肝静脉跑进肝脏而感染，病人大多会有发烧、肚子痛的情形，其它可能合并恶心、胸痛、咳嗽、呕吐、右上腹痛，甚至肝肿大、黄疸；而阿米巴肝脏脓疡则以右上腹痛为主。在台湾，克利氏菌占很大部分，其他葡萄球菌在新生儿占41%，肠内菌约占65%，其余则为多种病菌混合生长。值得注意的是新生儿若做过脐静脉、脐动脉插管或腹内被感染的小朋友，例如盲肠炎、胰脏炎、穿刺性外伤等、糖尿病患者、先天性铁沈积症、血色素病变、免疫力不全、伤口感染等均需注意肝脓疡发生的可能性。治疗上除针对致病种而给予特效的抗生素外，接下来一系列的超音波追踪是必须的。
4、过敏性紫斑
一般为是一种血管发炎的疾病，包括皮肤的紫斑或过敏症、腹痛并有时吐血、关节痛或关节炎或是并有血尿的症状，会持续四星期，必须长期追踪；但只有50%小朋友可以从粪便中验出出血状况，且治疗后亦有复发的可能。
大多发生在七岁以下的小孩，以春天为多，会在手臂、脚、臂部的伸展侧等部位的皮肤在一个礼拜内出现症状，刚开始可能只是荨麻疹，慢慢才转红，但也有人在五个月后才出现疹子；而两岁以下的小朋友，可能会出现在脸部或头皮，也有可能是四肢水肿。值得注意的是，六成以上会有胃肠、脚踝或膝盖等关节问题，少部份会出现吐血或合并肠套叠等症状，严重者可能会并发血压及肾衰竭而威胁生命。治愈后若仍出现腹痛、肠胃出现、关节痛等，均建议住院以进一步治疗。
5、肠病毒感染
肠病毒是一种咸感冒引起的病毒，由粪便经口或口对口传染，一般分为68型，包括小儿麻痹病毒、Ａ及Ｂ群克沙奇病毒、伊柯病毒及四种新型病毒(包括68及71型)。感染肠胃道时会上吐下泻，只要能渡过脱水的危险期，应无大碍；但身体其他地方，可能会引起发烧合并口腔、手掌、脚掌、膝盖、臀部起小水泡(称水足口症)；或者口腔后部长小水泡或溃疡，引起口腔疼痛及流口水(称为峡咽炎或咽峡炎)。
绝大多数的患儿在5至7天会自然痊愈，只有极少数会引起严重的并发症，包括脑膜炎、脑炎、急性肢体无力、步履不稳、抽搐甚至肺水肿的问题；除非小朋友本身免疫力有问题，或经由特殊的机转，很少会引起死亡；目前并无疫苗或特殊药来预防或治疗，一般均是给予支持性疗法，所以建议在流行期应加强洗手(尤其处理病童的粪便后及吃饭前)、避免与患儿新吻、少出入公共场所。若小朋友出现活动力减少、嗜睡、睡觉时容易有惊吓反射、剧烈呕吐、呼吸困难、抽搐、肢体无力等不正常现象，须住院观察治疗。
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