肠道微生物群是存在人体肠道的微生物群体的总称，其中包括了细菌、真菌、古菌以及原生物动植物（甚至病毒）等种类众多的微生物。由于测序技术的提高，近二十年来，科学界越来越关注肠道微生物菌群。也有很多的证据表明，肠道微生物菌群对于人体的健康有着很大影响。这种影响不仅局限于肠道，还可能对大脑、肝脏这样的器官产生影响，相反的，人体对肠道微生物也有影响。因此，未来我们或许可以通过调节肠道微生物菌群，对我们来管理我们的身体状态。
近期发表在《Trends in Microbiology》的综述文章，具体讨论了从食物来源进入肠道的益生菌群体（主要是双歧杆菌、乳酸菌和丙酸杆菌）是如何影响肠道原有的微生物群体的。从食物中进入人体的这三种微生物类群是常用在食品发酵工业中的微生物，从数量上来说，在肠道中占据着很大比例。
作者们分析了很多的临床数据，综述了一些研究文章，他们认为这些来自食物的菌群确实影响着肠道微生物群和宿主健康。从食物进入肠道的很多益生菌确实能够进入小肠，而且躲过了胃里的强酸环境而仍然顽强的或者，并还有生理活性，可以完成一些分子的合成代谢。这些微生物占据着正常肠道微生物群体的一部分，并且很多次在肠道微生物群的分析中被检测出来。
实际上，很多研究都表明，通过食物进入人体的这些益生菌，对原有的微生物菌群的组成并没有太大的影响，但是对某些特定的微生物群体会产生影响。例如，会导致产短链脂肪酸菌群增加，从而使得产蛋白菌群数量减少，这是这些微生物导致碳水化合物代谢变化的一个例子。此外，这些来自食物的微生物也会影响着婴儿肠道微生物菌群的形成。
作者们认为，来自食物的益生菌能够影响碳水化合物代谢的研究是很激动人心的。例如，这些细菌可以促进短链脂肪酸和丁酸盐的合成增加，而减少蛋白质的合成量。已有的证据表明，蛋白合成量大和丁酸盐合成量减少是对人体健康不利的。比如会造成肠道系统紊乱和导致二型糖尿病发病率的增加。
这就为这些益生菌为啥会是“益生菌”提供了证据。其他类型的益生菌代谢物，例如三甲胺，也被认为与心血管疾病已经氨基酸代谢密切关联。
合理地选择研究的微生物类型，并通过临床研究来确认他们的功能，这或许能够让我们研发新一代的可食用益生菌，帮助我们解决身体困扰。
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