琼脂沉积在底部是由其物理特性导致的，之前可以凝固是因为部分琼脂仍旧在上层，但如果不摇匀培养基，可以说琼脂沉积底部导致的不凝固在多次实验或多次使用之后是必然会发生的。且如果不摇匀培养基，还可能导致倒出的平皿之间凝胶强度不一致，间接导致实验结果出现差异（凝胶强度会一定程度上影响菌落形态和大小）。摇晃时不需剧烈摇晃，围绕一个轴心适当力度摇晃几次即可，产生的轻微气泡往往会贴在锥形瓶壁或在倒入平皿时直接破裂，不会影响结果观察。