无菌工艺模拟试验，或者说挑战性试验，分为两个阶段。第一个阶段，在接收到配置完成的培养基，或者是直接采购成品培养基之后，需要做无菌试验。也就是需要证明这个培养基是合格的。第二个阶段，在灌装结束后，不论是灌装在西林瓶中，还是其他容器中，在培养基结束后仍然需要再做一次无菌试验。
试验中需要用到的菌株可视具体情况参考GMP指南。如果条件允许的话，可以再加一个在环境中分离出来的环境菌。