大肠菌群是人和温血动物肠道内普遍存在的细菌。它不单独代表某一个或某一属细菌，而是指具有某些特性的与肠道细菌有关的菌群。一般认为，大肠菌群包括大肠埃希氏菌、柠檬酸杆菌、产气克雷白氏菌等。
大肠菌群分布较广，在温血动物、人类经常活动的场所和自然界中广泛存在。在食品生产、加工、储运等过程中，因卫生管理不规范，可能会受到大肠菌群污染。因此，我国和国外许多国家把大肠菌群广泛用作食品卫生质量检验的指示菌。