食品安全国家标准未对大肠菌群作统一规定，在各类食品中作了具体的限量规定。
《食品安全国家标准 熟肉制品》（GB 2726-2016）、《食品安全国家标准糕点、面包》（GB 7099-2015）等标准中规定，同批次5个样品中大肠菌群的检验结果均不得超过10² CFU/g，且至少3次检验结果不超过10CFU/g。
《食品安全国家标准 巴氏杀菌乳》（GB 19645-2010）、《食品安全国家标准发酵乳》（GB 19302-2010）等标准中规定，同批次5个样品中大肠菌群的检验结果均不得超过5 CFU/g（CFU/mL），且至少3次检验结果不超过1 CFU/g（CFU/mL）。
《食品安全国家 标准蜂蜜》（GB 14963-2011）规定，在蜂蜜中所含的大肠菌群的最可能数≤0.3（MPN/g）。