在日常抽检中发现产品菌落总数超标，可以从以下三个环节进行追溯：
（1）生产环节如果在不合格食品同批次库存产品多次抽样检验，均出现菌落总数超标的情况，那极有可能是生产环节原辅料、人员、设备环境等受污染所影响；
（2）储存运输对同批次其他产品进行多次抽样检验，均未检出菌落总数超标的现象，那么有可能是出现在产品装卸搬运过程中；
（3）储存摆放环节若在流通环节检出多种食品存在菌落总数超标的情况，则问题极有可能是未按照规定要求存储、摆放食品，致使微生物滋生。