部分培养基含有较为丰富的无机盐成分，在加热和灭菌的过程中很容易发生反应形成沉淀。建议配制培养基时使用去离子水、蒸馏水、纯化水，切勿使用普通自来水。但由于各单位使用的去离子水、蒸馏水、纯化水实际含有离子程度并不相同（尤其是制水机自制水）在发生此种情况时，可以尝试使用市面上的高纯度水（如屈臣氏、娃哈哈等品牌水）进行溶解。
我们也发现部分客户会自行调节pH或者添加额外的营养成分，这些都可能导致培养基突然出现大量沉淀，往往是离子之间发生了复杂的化学反应。
另有部分培养基本身含有不溶于水的物质，如TTB含有大量碳酸钙，其本身就不能够完全溶解，此种情况为正常现象，将沉淀摇匀后分装使用即可。