的生产过程中，由于工艺和来源等原因，琼脂还是会含有部分糖或其他杂质，这些杂质会一定程度上影响微生物的生长，影响实验结果的判断。部分含有杂质较多的琼脂，灭菌完毕后会与培养基中的离子反应，使得培养基浑浊，只要不是出现大量沉淀，一般不影响使用。部分客户自购的琼脂实际上凝胶强度较高，按照标准添加量，会使得凝固后的平皿凝胶强度过大，影响菌落的生长，这时候会造成菌落生长较小，生长较慢，回收率下降等负面影响，此时可略微降低琼脂的添加量。
尤其部分植物组织培养的液体培养基，其含有极为丰富的无机盐成分，添加琼脂或其他营养成分时，应慎重考虑，最好先少量实验，测试生长效果。