食品中检出大肠菌群，可能是食品原料、包装材料受到污染，也可能是生产过程中受人员、工器具、生产环境等污染，还可能是产品灭菌条件未达到工艺要求导致的。如果食品中大肠菌群严重超标，将会破坏食品的营养成分，使食品失去食用价值，还会加速食品腐败变质。
大肠菌群是衡量食品卫生状况的重要微生物指标之一。大肠菌群超标说明食品卫生质量存在缺陷，存在被肠道致病菌（如沙门氏菌、志贺氏菌、致泻大肠埃希氏菌）污染的可能性较大。食用大肠菌群超标的食品可能会导致腹泻，严重的可能引起呕吐等症状。